R 有没有办法降低McMcClogit使用的MCMC算法的接受率？

R

包

MCMCpack

通过

mcmclclogit

提供贝叶斯逻辑回归。如果

verbose=TRUE

，此函数将打印MCMC（Metropolis Hastings）算法的接受率，但它似乎不会在

MCMC

对象中返回它。是否有方法访问对象中的此信息

要测试使用：

    library(MCMCpack)
    set.seed(12345) 
    n = 1000 
    x = rnorm(n) 
    y = rbinom(n,1,1/(1+exp(-(1 + x))))
    m = MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                         tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE)

它打印的接受率为

0.45533

，但我在返回的

names（m）

返回

NULL

或

names（attributes（m））

中找不到此信息

[1] "dim"      "mcpar"    "class"    "dimnames" "title"    "y"        "call"

---

帮助文件表明，

coda

包允许汇总来自

mcmc

对象的信息（请参阅），但在pdf中搜索“接受”不会产生任何结果

这是一种黑客行为……但仍然是一种解决方案：

output = capture.output(MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                                  tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE))

library(stringr)
library(dplyr)

output %>%
  paste0(collapse = "") %>%
  str_extract("\\d+[.]\\d+(?=[@])") %>%
  as.numeric()

# [1] "0.45533"

这使用

capture.output

将控制台中从

mcmcmclogit

打印的内容作为字符串存储在变量中，然后使用regex提取接受率。使正则表达式相对容易的是，接受率被

@

所包围

---

OP提出了一个很好的观点，即通过使用此方法，

mcmclclogit

必须运行两次，如果模型需要很长时间才能运行，这是不可取的。可以做的一件事是使用

如果您不喜欢
capture.output
的行为，您可以使用
sink
，它仍然返回结果，但将控制台输出重定向到文件中

sink(file="test.txt")
m <- MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
               tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE)
sink()

out <- readLines("test.txt")
grep( "acceptance rate for beta was", out, value=T)
# [1] "The Metropolis acceptance rate for beta was 0.45533"

class(m)
# [1] "mcmc"

谢谢-如果我没记错的话，
mcmc
对象在这里丢失了？代码需要运行两次。@tomka很好。查看我的编辑。我真希望有人能想出一个更好的方法，因为我经常犹豫使用
你能说明它有什么危险吗？@tomka在这种情况下你应该没事，但在其他一些情况下，如果您不想或最终不想引用函数中的全局变量，而实际上希望引用作为参数传入的变量，则可能会意外更改全局变量。如果我理解正确，这不会将接受率的值保存到向量中，对吗？
output = capture.output(assign("m", MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
                                              tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE),
                               envir = globalenv()))

sink(file="test.txt")
m <- MCMClogit(y ~ x, burnin = 5000, mcmc = 1000,
               tune = 1.3, B0 = 0, verbose = TRUE)
sink()

out <- readLines("test.txt")
grep( "acceptance rate for beta was", out, value=T)
# [1] "The Metropolis acceptance rate for beta was 0.45533"

class(m)
# [1] "mcmc"

ar <- grep( "acceptance rate for beta was", out, value=T)
ar <- as.numeric( gsub("^.* was (.*)", "\\1", ar) )
ar
# [1] 0.45533