Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/70.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
使用用户界面提供的输入参数执行Bioconductor软件包命令_R_Shiny_Rstudio_Bioconductor - Fatal编程技术网

使用用户界面提供的输入参数执行Bioconductor软件包命令

使用用户界面提供的输入参数执行Bioconductor软件包命令,r,shiny,rstudio,bioconductor,R,Shiny,Rstudio,Bioconductor,我正在尝试从bioconductor软件包中运行一个命令,该软件包将使用Shiny构建的用户界面中给出的参数作为参数。 这是我的密码: server.R library(shiny) library(RnBeads) shinyServer(function(input, output) { observe({ input$submit rnb.options(input$identifiers_column) rnb.run.analysis(dir.repo

我正在尝试从bioconductor软件包中运行一个命令,该软件包将使用Shiny构建的用户界面中给出的参数作为参数。 这是我的密码:

server.R

library(shiny)
library(RnBeads)

shinyServer(function(input, output) {

  observe({
    input$submit
    rnb.options(input$identifiers_column)
    rnb.run.analysis(dir.reports=input$results_dir, sample.sheet=input$sample_annotation,data.dir=input$idat_dir,data.type="infinium.idat.dir")
  })


})
这是错误消息

Warning: Unhandled error in observer:  is invalid option
observe({
    input$submit
    rnb.run.analysis(dir.reports = input$results_dir, sample.sheet = input$sample_annotation, 
        data.dir = input$idat_dir, data.type = "infinium.idat.dir")
})
rnb.run.analysis必须获取用户界面给出的参数值,然后在按下提交按钮时执行


任何帮助都将不胜感激。

输入值input$identifiers\u列在服务器上看不到它。r。输出$submit的目的是什么?我自己解决了,但我不确定这是否是最好的方法。它有效,仅此而已。LibraryShining libraryRnBeads ShinyServerFunction输入、输出{ntext
Warning: Unhandled error in observer:  is invalid option
observe({
    input$submit
    rnb.run.analysis(dir.reports = input$results_dir, sample.sheet = input$sample_annotation, 
        data.dir = input$idat_dir, data.type = "infinium.idat.dir")
})