readFASTA VS read.fasta

我是R新手，对biostrings函数readFASTA有问题。R3.0.1中最新版本的biostrings有所不同。以前的版本似乎正在发挥作用。因此，我开始在SeqinR中使用函数read.fasta。我从一个fasta文件中读取DNA序列

readFASTA按如下方式读取序列

[[9999]]

[[9999]]$desc

[1] "9320"


[[9999]]$seq

[1]

"TCCCCTGAAATTCCCCC"

现在read.fasta正在将序列读取为

[[4746]]

[1] "AACACAACCTCATTCCC"

在以前的版本中，使用$运算符，我可以拆分序列和geneid

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但是现在的版本我不知道该怎么办。无论如何，我都可以得到与readFASTA相同的输出

？str-R文档：简洁地显示任意R对象的结构。您也可以问，您是否查看了read.fasta文档或biostrings包以获取指导？如果他们改变了输出的结构方式，那么应该在包更改日志中提供一些建议，因为这可能会破坏其他人现有的工作流。是的，我通过调整read.fasta函数的参数解决了这个问题。非常感谢。