R 使用Lappy保存使用列表中的名称从列表生成的绘图

我有一个数据表列表，每个表都包含相同格式的数据，并且每个表都有一个唯一的名称。示例如下：

> head(list$table1)
        gene     logFC negLogPval
    1   CROT -1.546082   6.405688
    2 CASC15 -1.718302   5.501062
    3  ITGA8 -2.839048   5.159019
    4   LDB2 -1.258781   4.646456
    5  PTGS1  1.009361   3.791273
    6  FABP5 -1.186742   3.189549

我想从列表中的每个数据表中绘制一个单独的绘图，然后保存，我可以使用以下功能执行此操作：

volc = function(input){
  ggplot(input, aes(logFC, negLogPval)) + 
  geom_point()
  ggsave(paste0("Volcano_", names(input), ".png"), device = "png")
}

如果我在单个数据表上运行此操作，如下所示：

volc(list$table1)

lapply(list, volc)

然后，它会按预期生成一个绘图，但不会使用对象的名称来命名文件，而是使用数据表中第一列的名称，即将文件保存为“Volcano_gene.png”而不是“Volcano_table1.png”

这意味着如果我使用

lappy

在我的数据表列表上运行此操作，如下所示：

volc(list$table1)

lapply(list, volc)

它在每个表上运行代码，但将所有表保存为“Volcano_gene.png”，在运行时覆盖上一个表，这意味着唯一保存的绘图是最后生成的绘图

---

我确信我缺少了

names（）

函数的一些简单功能，但是有人能帮我解决这个问题吗，这样它就可以按预期的名称保存绘图了？

您不需要该列表中data.frames的列名，而需要它们的名称，即

names（list）

。我建议重复这些名称：

volc = function(inputname){
  ggplot(list[[inputname]], aes(logFC, negLogPval)) + 
  geom_point()
  ggsave(paste0("Volcano_", inputname, ".png"), device = "png")
}

for (x in names(list)) volc(x)

---

您不需要该列表中data.frames的列名，但需要它们的名称，即

名称（列表）

。我建议重复这些名称：

volc = function(inputname){
  ggplot(list[[inputname]], aes(logFC, negLogPval)) + 
  geom_point()
  ggsave(paste0("Volcano_", inputname, ".png"), device = "png")
}

for (x in names(list)) volc(x)

---

代码的问题在于，当您将函数应用于

列表中的每个
data.frame
时，
名称（输入）
会给出
data.frame
的列名。看看这个例子

data(mtcars)
l = list()
l$a = mtcars[, 1:2]
l$b = mtcars[, 2:3]

lapply(l, names)
$a
[1] "mpg" "cyl"

$b
[1] "cyl"  "disp"

若要解决此问题，请将函数更改为采用第二个参数名称

volc = function(input, name) {
  ggplot(input, aes(logFC, negLogPval)) + 
  geom_point()
  ggsave(paste0("Volcano_", name, ".png"), device = "png")
}

现在，您可以使用
Map
来构建您的目标：

Map(volc, list, names(list))

代码的问题在于，当您将函数应用于
列表中的每个
data.frame
时，
名称（输入）
会给出
data.frame
的列名。看看这个例子

data(mtcars)
l = list()
l$a = mtcars[, 1:2]
l$b = mtcars[, 2:3]

lapply(l, names)
$a
[1] "mpg" "cyl"

$b
[1] "cyl"  "disp"

若要解决此问题，请将函数更改为采用第二个参数名称

volc = function(input, name) {
  ggplot(input, aes(logFC, negLogPval)) + 
  geom_point()
  ggsave(paste0("Volcano_", name, ".png"), device = "png")
}

现在，您可以使用
Map
来构建您的目标：

Map(volc, list, names(list))

如果您想要一些漂亮的火山图，请参阅package。我会检查它，我一直在玩用阈值等手动着色我的图，我只是把它们从示例代码中删除了。不过，这可能是一个更简单的方法！如果您想要一些漂亮的火山图，请参阅package。我会检查它，我一直在玩用阈值等手动着色我的图，我只是把它们从示例代码中删除了。不过，这可能是一个更简单的方法！啊，我明白了。
names（list）
将
names（）
函数应用于列表中的各个数据表，而不是列表本身。使用
lappy
而不是
for
循环是否有类似的方法？我通常使用
lappy
，因为我更喜欢语法，但是在这种情况下，
for
可能更容易。如果你像这里那样纯粹为了副作用调用函数，那么
for
循环是合适的构造。也许我误解了术语，但是这个示例是如何使用它来处理副作用的？调用
ggplot
的功能是绘制绘图，调用
names（）
的功能是提供列表中项目的名称。正当我不熟悉编码，所以可能副作用与我习惯的有不同的含义？保存文件和绘制绘图是副作用，而不是返回值。嗯，好的，这似乎不明显，但谢谢。我最后还试着运行你的版本，看看它是否和Tommy的Map（）版本一样好，但它返回时出现了以下错误：
列表中的错误[[inputname]]：类型为“builtin”的对象不可子集
编辑：没关系，我几乎一发布就自己解决了，我忘了将“list”重命名为我的实际列表名。啊，我明白了。
names（list）
将
names（）
函数应用于列表中的各个数据表，而不是列表本身。使用
lappy
而不是
for
循环是否有类似的方法？我通常使用
lappy
，因为我更喜欢语法，但是在这种情况下，
for
可能更容易。如果你像这里那样纯粹为了副作用调用函数，那么
for
循环是合适的构造。也许我误解了术语，但是这个示例是如何使用它来处理副作用的？调用
ggplot
的功能是绘制绘图，调用
names（）
的功能是提供列表中项目的名称。正当我不熟悉编码，所以可能副作用与我习惯的有不同的含义？保存文件和绘制绘图是副作用，而不是返回值。嗯，好的，这似乎不明显，但谢谢。我最后还试着运行你的版本，看看它是否和Tommy的Map（）版本一样好，但它返回时出现了以下错误：
列表中的错误[[inputname]]：类型为“builtin”的对象不可子集
编辑：没关系，我几乎一发布就自己解决了，我忘了将“list”重命名为我的实际列表名。我明白了，谢谢你的帮助。在我读这篇文章之前，我已经回复了罗兰，但是这是一种更好的方法，可以在整个列表中完成，而不必使用
for
循环。我明白了，谢谢你的帮助。在我读这篇文章之前，我对罗兰做出了回应，但这是一种更好的方法，可以在整个列表中使用它，而不必使用
for
循环。