如何在Ubuntu 16.04和17.04上安装Tidyverse

我正在运行Ubuntu16.04（现在是17.04：见下面粗体的注释）和R3.4.1。我今天早上安装了后者，所以我认为它是最新版本。我想安装Tidyverse，我在Windows下花了很多快乐的时间。但是，当我执行install.packages（“tidyverse”）时，我会收到关于gcc无法识别的命令行选项的错误。当安装点击colorspace和munsell软件包时，就会启动这些功能。在这篇文章的最后，我将为芒塞尔展示一个例子

我还没有找到其他人在Ubuntu 16.04上有同样的问题。但有类似问题的人的帖子表明，我的gcc版本可能太旧了，无法识别选项——fstack protector strong和Wdate time

我想到的可能的解决办法：

1） 将Ubuntu更新到16.10或17.04，希望其中一个有合适的gcc。然而，我在这里发现我缺乏Ubuntu的专业知识：特别是，我似乎必须升级两次，一次升级到16.10，然后再升级到17.04。我甚至无法将系统升级到16.10：在“从Ubuntu 16.04 LTS升级”中推荐的步骤，在我尝试时找不到升级。此外，我也不确定这些乌邦图们中的任何一个是否拥有正确的gcc

第二天添加了：虽然我昨天尝试通过以下方式升级Ubuntu没有任何效果，但今天仍然有效。可能是缓存问题？现在我有了Ubuntu 17.04。但是，我在尝试安装Tidyverse时仍然会遇到相同的错误

2） 查找不需要这些编译器选项的旧版本Tidyverse

3） 升级我的Ubuntu的gcc。但我不知道这是否会影响到我机器上的其他软件，这些软件需要一个更旧的gcc

4） 只为Tidyverse安装一个新的gcc，并以某种方式使用路径来愚弄安装程序调用它，也许可以按照中的建议进行操作。但这听起来很危险

5） 放弃Ubuntu，在Windows上完成我所有的工作。我知道人们嘲笑“Micro$oft”，但至少在Windows上，我不会在Linux arcana上浪费一个上午，我可以完成我的工作，那就是R。这感觉太像牧师们在《软件设计：寓言》中的咒语了。只是说

对这些版本的R和Ubuntu有什么建议吗

以下是一个失败的安装：

`> install.packages("munsell") Installing package into ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) also installing the dependency ‘colorspace’ trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 293433 bytes (286 KB) ================================================== downloaded 286 KB trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 97244 bytes (94 KB) ================================================== downloaded 94 KB * installing *source* package ‘colorspace’ ... ** package ‘colorspace’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c colorspace.c -o colorspace.o gcc: error: unrecognized command line option '-fstack-protector-strong' gcc: error: unrecognized command line option '-Wdate-time' /usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'colorspace.o' failed make: *** [colorspace.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘colorspace’ * removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace’ Warning in install.packages : installation of package ‘colorspace’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘colorspace’ is not available for package ‘munsell’ * removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/munsell’ Warning in install.packages : installation of package ‘munsell’ had non-zero exit status The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpQ8FW70/downloaded_packages’ Warning message: R graphics engine version 12 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed. `>安装软件包（“芒塞尔”） 将软件包安装到“/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4”中 （由于“lib”未指定） 同时安装依赖项“colorspace” 正在尝试URL'https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2.tar.gz' 内容类型“应用程序/x-gzip”长度为293433字节（286KB） ================================================== 下载286KB 正在尝试URL'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz' 内容类型“应用程序/x-gzip”长度97244字节（94 KB） ================================================== 下载94KB *正在安装*source*包“colorspace”。。。 **包“colorspace”已成功解包并检查MD5总和 **自由基 gcc-std=gnu99-I/usr/share/R/include-DNDEBUG-fpic-g-O2-fstack-protector-strong-Wformat-Werror=格式安全性-Wdate-time-D_-FORTIFY_SOURCE=2-g-c colorspace.c-o colorspace.o gcc:错误：无法识别的命令行选项'-fstack-protector-strong' gcc:错误：无法识别的命令行选项'-Wdate time' /usr/lib/R/etc/Makeconf:159:目标“colorspace.o”的配方失败 make:**[colorspace.o]错误1 错误：包“colorspace”的编译失败 *删除“/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace” install.packages中的警告： 包“colorspace”的安装具有非零退出状态 错误：依赖项“colorspace”不适用于包“munsell” *删除“/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/munsell” install.packages中的警告： 包“munsell”的安装具有非零退出状态 下载的源程序包位于中 “/tmp/RtmpQ8FW70/下载的软件包” 警告信息： 此版本的RStudio不支持R图形引擎版本12。在安装较新版本的RStudio之前，绘图选项卡将被禁用。

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在某些情况下，我发现我需要安装Ubuntu软件包。要安装Tidyverse，我添加了

sudo apt-get install r-cran-curl r-cran-openssl r-cran-xml2

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安装这些软件包之后，我就可以安装Tidyverse了。

我相信在尝试安装Tidyverse软件包时也会遇到类似的问题。 作为Linux的新手和R的新手，我遵循了Linux上的Ubuntu安装说明。当我安装R时，我故意跳过了R-base-dev包的安装，因为它说它是为“包维护者”设计的。我没有真正阅读后面的部分，也不理解自己编译包的必要性

无论如何，安装

r-base-dev

package，让我可以毫无问题地安装Tidyverse包。让它工作的完整步骤如下所示。在terminal中，执行以下步骤（步骤1-3可能是必要的，也可能不是必要的，但我添加了它们以防万一）：

添加

debhttps:///bin/linux/ubuntu 在你的
/etc/apt/sources.list文件中，用你最喜欢的CRAN镜像的实际URL替换为artful/
。有关起重机后视镜的列表，请参阅

将存储库密钥添加到系统：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

另一种方法是使用

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

然后用

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

要安装完整的R系统，请使用

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

然后是我错过的步骤，这被证明是能够在Tidyverse包中编译包的关键步骤，即安装

r-base-dev

包：

sudo apt-get install r-base-dev

然后在RStudio中执行软件包安装命令：

install.packages(tidyverse)

希望这也能对你起作用。阅读CRAN项目的安装指南

    ------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

sudo apt-get install libssl-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev