在R jupyter笔记本中使用ipython magics？

我使用

conda install jupyter安装了jupyter

，正在运行一个笔记本，其r内核安装于

conda create-n my-r-env-c r-essentials

我正在运行一个笔记本，希望从shell运行bash命令

!echo "hi"
Error in parse(text = x, srcfile = src): <text>:1:7: unexpected string constant
1: !echo "hi"

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有没有一种方法可以将R笔记本电脑设置为与ipython笔记本电脑在bash命令（可能还有其他魔法）方面具有相同的功能？

对于bash命令，可以让系统命令正常工作。例如，在IRkernel中：

system("echo 'hi'", intern=TRUE)

输出：

'hi'

或查看文件的前5行：

system("head -5 data/train.csv", intern=TRUE)

由于IPython magics在IPython内核中可用（但在IRkernel中不可用），因此我快速检查了是否可以使用

rPython

和

Pythonir

库访问它们。但是，问题是Python代码看不到

get_ipython（）

，因此以下各项都不起作用：

library("rPython")
rPython::python.exec("from IPython import get_ipython; get_ipython().run_cell_magic('writefile', 'test.txt', 'This is a test')")

library("PythonInR")
PythonInR::pyExec("from IPython import get_ipython; get_ipython().run_cell_magic('head -5 data/test.csv')")

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通过将调用包装在

cat

中，并指定

'\n'

作为分隔符，可以在单独的行上显示输出，而不是用默认的字符向量空格分隔，从而对

系统的输出进行外观改进。这对于像
tree
这样的命令非常有用，因为除非用换行符分隔，否则输出的格式没有什么意义

比较名为
test
的示例目录的以下内容：

Bash

$ tree test
test
├── A1.tif
├── A2.tif
├── A3.tif
├── README
└── src
    ├── sample.R
    └── sample2.R

1 directory, 6 files

Jupyter笔记本中的R

仅限系统
，难以理解输出：

> system('tree test', intern=TRUE)

'test' '├── A1.tif' '├── A2.tif' '├── A3.tif' '├── README' '└── src' '    ├── sample.R' '    └── sample2.R' '' '1 directory, 6 files

cat
+
系统
，输出如bash中所示：

> cat(system('tree test', intern=TRUE), sep='\n')

test
├── A1.tif
├── A2.tif
├── A3.tif
├── README
└── src
    ├── sample.R
    └── sample2.R

1 directory, 6 files

注意，对于像
ls
这样的命令，上面将引入一个换行符，其中输出通常由bash中的空格分隔

您可以创建一个函数以节省键入的时间：

> # "jupyter shell" function
> js <- function(shell_command){
>     cat(system(shell_command, intern=TRUE), sep='\n')
> }
>
> # brief syntax for shell commands
> js('tree test')

#“jupyter shell”函数
>js cat（系统（shell_命令，intern=TRUE），sep='\n'）
> }
>
>#shell命令的简要语法
>js（‘树测试’）
看起来这是不可能的：
> # "jupyter shell" function
> js <- function(shell_command){
>     cat(system(shell_command, intern=TRUE), sep='\n')
> }
>
> # brief syntax for shell commands
> js('tree test')