rmarkdown:：render（）输出到标准输出

当我在RStudio中本地读取

render（）

一个

*.Rmd

文件时，

render（）

函数的输出将显示在控制台中：

基本

.Rmd

文件：

---
title: "test"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}

sink("./output.txt", type = 'output')

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Summary

```{r cars}
summary(cars)
```

## Error

```{r}

dbGetQuery()

```

建立：

library(rmarkdown)

render('./test.rmd')

输出：

当我在本地创建报告时，这非常好，我可以看到抛出的进度和错误（如果有）。我需要在stdout（或stderr）中监视此输出，但无法将此输出接收到该位置，因为。我甚至试着改成一个文件，但尽管创建了文件

output.txt

，但该文件中没有任何记录

这对我来说是个问题，因为我在Docker容器中使用

render（）

，无法将Docker容器中

.Rmd

文件的区块输出发送到stderr或stdout。我需要监控

.Rmd

文件中容器R代码中的块输出错误（以诊断连接数据库连接错误），并将这些块发送到stdout或stderr是唯一的方法（不登录到容器，在我的用例中（即部署到AWS）是不可能的）

我已经查看了，似乎没有任何选项可以设置为强制块输出到文件或stdout或stderr

---

是否有某种方法可以将所有区块输出写入

render（）

函数内部的stdout或stderr

我认为通常的方法是运行一个单独的R实例并捕获其输出。无任何错误检查：

output <- system2("R","-e \"rmarkdown::render('test.Rmd')\"",
                  stdout = TRUE, stderr = TRUE)

---

output有两种方法可以解决这个问题-取决于您想要什么

如果希望看到stderr/stdout输出，就像在控制台中一样，最简单的方法是使用shell脚本呈现文档，并通过管道将输出转换为文本。
-包裹
包含一个示例shell脚本，该脚本对于
这个目的。安装
littler
并确保脚本在您的路径上可用后，您可以运行：

render.r test.rmd>output.txt

或

render.r test.rmd>output.txt 2>&1

将stderr包含在输出文件中

然而，我发现这个控制台输出对于调试和故障排除来说通常不够详细

因此，另一个选项是编辑Rmd文件以记录更多关于进度/错误的详细信息&将记录器输出定向到外部文件

这在云或docker容器计算环境中尤其有用，因为日志可以定向到数据存储，从而允许实时日志记录和跨多个作业搜索日志。就我个人而言，我是使用软件包来实现这一点的

使用由创建的记录器，其工作方式如下：

在Rmd文件中或在Rmd文件中由代码调用的函数中，将重要错误和警告消息重定向到记录器。最好的方法是另一个问题的主题，根据我的经验，不同的任务会有所不同


这至少会导致在Rmd文件中插入一系列R命令，如下所示：
库（无用的.logger）
flog.info（'查询数据..'）
数据