使用ggtree打印igraph树对象

使用ggtree打印igraph树对象,r,igraph,R,Igraph,使用生成树作为图的子类是R中的事实标准 该软件包在树可视化方面非常通用。它的一些绘图功能超出了 这就引出了一个问题: 是否有方法使用包生成的有效树形图对象(即下面的示例)作为使用ggtree进行可视化的输入 library(igraph) g <- graph.tree(20, 2) 库(igraph) 这是个好主意 ggtree是为系统发育分析而设计的。某些功能可能无法直接应用于其他对象,如igraph。为了使支持更加平滑,需要将igraph对象转换为phylo对象。因此,在转换后,可

使用生成树作为图的子类是
R
中的事实标准

该软件包在树可视化方面非常通用。它的一些绘图功能超出了

这就引出了一个问题:

是否有方法使用包生成的有效树形图对象(即下面的示例)作为使用
ggtree
进行可视化的输入

library(igraph)
g <- graph.tree(20, 2)
库(igraph)
这是个好主意

ggtree是为系统发育分析而设计的。某些功能可能无法直接应用于其他对象,如igraph。为了使支持更加平滑,需要将igraph对象转换为phylo对象。因此,在转换后,可以使用ggtree将其可视化,并支持所有功能

转换的问题是igraph允许单例,正如上面的例子所示,而phylo不允许,因为它在进化中毫无意义

我会考虑在将来的版本中开发一个转换函数。 参考


余国强,张德克史密斯,朱海华,关耀华,林泰英*生态学和进化中的方法

我只想指出,单例节点在变异树中是有意义的。我正在尝试将ggtree与变异树结合使用,但在处理单例节点时遇到了困难。是否有计划扩展ggtree以适用于变异树?