如何使用igraph将两个节点合并为一个节点_R_Igraph

如何使用igraph将两个节点合并为一个节点

如何使用igraph将两个节点合并为一个节点,r,igraph,R,Igraph,我试图将图（G）中的两个节点（称为“V”和“U”）合并为一个节点（V） G是一个由779个节点（网站）组成的超链接网络。每条边代表一个超链接。V和U实际上是同一个网站，但不幸的是，该网站的网页已被分成两个单独的节点。所以我想把它们放回一个节点我已经研究了contract.vertices函数，但是我不知道如何在这里调整它下面是我的图（G）的属性我有两个要合并在一起的节点： > V(g)$id[8] [1] "http://www.police.uk/" 及图中总共有779个节点和

我试图将图（G）中的两个节点（称为“V”和“U”）合并为一个节点（V）

G是一个由779个节点（网站）组成的超链接网络。每条边代表一个超链接。V和U实际上是同一个网站，但不幸的是，该网站的网页已被分成两个单独的节点。所以我想把它们放回一个节点

我已经研究了contract.vertices函数，但是我不知道如何在这里调整它

下面是我的图（G）的属性

我有两个要合并在一起的节点：

> V(g)$id[8]
[1] "http://www.police.uk/"

及

图中总共有779个节点和3544条边

我希望这两个节点成为图中的单个节点（即，它们将具有相同的“id”）。从/到其他节点的所有内链接和外链接现在将仅指向此新的单个节点

所有其他属性将保持不变，除了

页数

（其值将是合并前两个节点的总和）。

收缩。顶点

确实是可以尝试的正确功能，但是它的API有点复杂，因为它的设计不仅能够合并一对节点，而且能够在一次传递中合并多对节点。（它还可以置换顶点）。为此，它需要从旧的顶点ID映射到新的顶点ID

如果您不熟悉顶点ID：igraph使用1到N范围内的整数标识图形的每个顶点，其中N是顶点数。

contract.vertices

需要的映射必须是长度为N的列表，其中列表的第i个元素包含合并前与ID i对应的节点的新ID

假设图形包含10个节点。以下映射向量将简单地将每个节点映射到它已经拥有的相同ID，因此它不会进行任何合并：

c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)

现在，假设您想要将节点7合并到节点4中。您必须告诉igraph节点7的新ID为4，因此您必须将上述向量中的第7个元素更改为4：

c(1,2,3,4,5,6,4,8,9,10)

这几乎可以完成任务；问题在于igraph要求节点ID在1到N的范围内，并且根据上述映射，您仍然有ID为10的节点，因此igraph不会删除旧节点7。收缩顶点后，您可以使用

delete.vertices

手动删除它，也可以指定一个不同的映射，该映射不仅可以将节点7合并到节点4中，还可以将节点8的ID更改为7，节点9的ID更改为8，节点10的ID更改为9：

c(1,2,3,4,5,6,4,7,8,9)

现在，由于您还希望新节点的

页数

属性是两个旧节点的值之和，因此必须告诉igraph在合并期间如何处理顶点属性。

contract.vertex

的

vertex.attr.comb

参数用于此目的。在您的情况下，

vertex.attr.comb

的值应该如下所示：

list("Number of Pages"="sum", "first")

其中，

“页数”=“sum”

表示应通过对旧属性值求和来计算

页数

属性的新值，

“first”

表示对于此处未提及的所有其他属性，新值应由合并为单个节点的节点集中第一个节点的旧值确定。有关此参数格式的更多详细信息，请参见R中的

？attribute.composition

。

contract.vertices

确实是一个值得尝试的函数，但它的API有点复杂，因为它的设计目的是在一次传递中不仅可以合并一对节点，还可以合并多对节点。（它还可以置换顶点）。为此，它需要从旧的顶点ID映射到新的顶点ID