R qsub内部系统2功能

我想通过R system2（）运行qsub作业。sh脚本本身需要一些参数，我不知道如何传递它们。 我做了以下操作，但似乎什么也没发生-作业已提交给qsub，但它已消失，我无法从脚本的输出中获得结果

arg1、arg2、arg3是script.sh所需的命令行参数

arg1<-"first"
arg2<-"second"
arg3<-"third"

system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", 
         args="-cwd -v arg1,arg2,arg3 -o out.txt -e err.txt script.sh")

---

arg1到
system2
的
args
参数应该是单独参数的字符向量，而不是由空格分隔的单个字符串。因此，它应该看起来像：

system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", 
         args=c("-cwd", "-v", "arg1,arg2,arg3", "-o",
                "out.txt", "-e", "err.txt", "script.sh"))

当给定单个字符串时，它将转义空格，这意味着qsub（或任何命令）不知道它们是单独的参数

或者，如果您希望将参数编写为单个空格分隔的字符串，可以使用
strsplit
将其拆分：

system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", 
         args=strsplit("-cwd -v arg1,arg2,arg3 -o out.txt -e err.txt script.sh", " ")[[1]])

我按照你的建议做了，但还是一无所获。甚至out.txt和err.txt都没有创建。@AirelleJab在
log.out
或
log.err
中是否有任何内容？另外，为了防止
-cwd
不起作用，请在日志中检查您的主目录中的这些文件。此时会显示一条消息，说明作业已提交“您的作业11（“script.sh”）已提交”。Log.err是空的，我已经检查了my/home，但是那里没有什么新的内容。如果您直接在同一目录下执行
qsub-cwd-v arg1、arg2、arg3-o out.txt-e err.txt script.sh会发生什么？它正在工作-它被添加到队列中。我在Shining server中使用它，当用户按下按钮时会触发此脚本，但如果没有qsub（仅运行脚本，在system2中使用sh），它甚至可以在服务器中工作。编辑：但在这种情况下，也不会创建out和err