超几何测试（phyper）

我有一个关于超几何测试的问题

我有这样的数据：

弹出窗口大小：5260
样本量：131
pop中归类为成功的项目数：1998
样本中分类为成功的项目数：62

计算超几何检验，对吗

phyper(62, 1998, 5260, 131)

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几乎正确。如果你看《代码》？phyper：

phyper(q, m, n, k, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

x, q vector of quantiles representing the number of white balls drawn
without replacement from an urn which contains both black and white
balls.

m the number of white balls in the urn.

n the number of black balls in the urn.

k the number of balls drawn from the urn.

因此，使用您的数据：

phyper(62,1998,5260-1998,131)
[1] 0.989247

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我想你需要计算p值。在这种情况下，您需要

P(Observed 62 or more) = 1-P(Observed less than 62).

1.0-phyper(62-1, 1998, 5260-1998, 131)

所以你想要

P(Observed 62 or more) = 1-P(Observed less than 62).

1.0-phyper(62-1, 1998, 5260-1998, 131)

请注意，第一个参数中有

-1

。你还需要从1.0中减去它，得到右尾的面积

如果我错了，请纠正我。

@Albert

要计算超几何测试，可使用以下公式获得相同的p值p（观测值为62或更多）：

因为：

lower.tail: logical; if TRUE (default), probabilities are P[X <= x], 
            otherwise, P[X > x]

lower.tail：逻辑；如果为真（默认），概率为P[X]

我认为这个测试应该如下所示：

phyper(62,1998,5260-1998,131-62,lower.tail=FALSE)

然后所有行的总和将等于所有列的总和。

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这在处理列联表时很重要。

不是phyper（6119985260-1998131）吗？@NicoBxl否，62是样本中的成功次数，对吗？是的，是62。但我在某个地方读到，我必须在这里减去一个（幻灯片20）：@NicoBxl我不确定他们试图计算什么，或者你是什么。但是，

phyper

给出了累计概率，包括您的输入观察值，即P（观察值为62或更少）。如果你想要P（观测值小于62），那么显然使用61。如果你想要的正好是62，那么使用

dhyper

OP想要的是右尾还是左尾将取决于测试中替代假设的方向，这在问题中没有明确说明。相关帖子：Meng关于phyper和fisher.test的注释（它们做同样的事情，但是有一个非常不同的界面）也非常有用：