流苏管道中r的QQ图

对于我的GWAS分析，我使用的是流苏管道。在我的GWAS中，我正在研究两个相关的特征。 我想在一个图中绘制两个性状的Q_Q图，就像我们可以从tassel程序中获得的一样

有人建议我用哪种包装的r来做这件事吗？ 使用qqman软件包中的qq（）命令，我在seprate plot中绘制qq plot，但我想要一个包含我的两个特征的图，就像我在Tassel中所做的一样

---

有什么建议吗？

在你的案例中，QQ图将你的结果的经验分布的分位数与如果零假设成立，你理论上预期的分布分位数进行比较

如果你有n个数据点，比较n个分位数是有意义的，因为你的经验分布的实际分位数就是你的数据点，有序的

p值的理论分布为均匀分布。想想看，这正是它们存在的原因。例如，如果一个测量值被指定为p值0.05，那么如果你经常重复该实验，那么你只会在5%的实验中期望通过纯粹的偶然性（零假设）得到这个或更极端的测量值。在50%的情况下，预计测量值p=0.5。所以，推广到任意值p，你的累积分布函数

CDF（p）=p[测量p值为≤ p] =p

看看维基百科，这就是 0和1之间均匀分布的CDF

因此，QQ图的预期n分位数为{1/n，2/n，…n/n}。（它们代表了无效假设为真的情况）

现在我们有了理论分位数（x轴）和实际分位数。在R代码中，这类似于

预期的\u分位数