如何在ape（r）中使用分类载体进行系统发育独立对比

我一直在使用R中的

ape

软件包，对猫的系统发育中的几个生态变量进行系统发育独立的对比，我想知道如何使用分类值来实现这一点

下面是使用数值的工作原理：

# Load ape
library(ape)

# Simulate data
set.seed(23)
phy <- rcoal(10)
x <- runif(10, 0, 10)
y <- x + rnorm(10)

# Compute correlation of independent contrasts
cor.test(pic(y, phy), pic(x, phy))

#加载ape
图书馆（ape）
#模拟数据
种子（23）
phy独立对比度仅适用于连续数据。为了检验离散变量之间的相关性，同时考虑系统发育的非独立性，有两种可能的途径

您可以使用实现的包

您可以使用来测试一对离散特征之间的相关进化。这些模型是在独立软件中实现的，或者您也可以遵循这个优秀的示例，演示如何使用
phytools
包实现测试

我应该提到的是，人们对这些马尔可夫模型处理系统发育伪复制的能力提出了担忧（请参阅），这导致我倾向于GLM框架。
如果你在这里没有得到一个好的答案，你可以尝试
r-sig-phylo@r-org
邮件列表谢谢您的建议。：）