R 在操作列的同时创建大型矩阵

我对如何创建大型矩阵有点困惑。到目前为止，我的代码如下所示。我希望行是位置，列是来自单个文本文件的“beta_值”

#Number of files = 300
#Matrix 33000 x 300
file.list <- list.files(pattern = "txt$")
# for each file, run read.table and select only the 1,2,3,12th column
columns = c('ID','S','E','Name','Alias','version','cdrive','positional','Contour','total_Contour','M_values','beta_values')

#Number of rows in the matrix
nr=33000

mat <- matrix("numeric", nrow = nr, ncol = length(file.list))

for (i in 1:length(file.list)) {
 fs <- fread(file.list[i], colClasses = columns, select=c(1,2,4,12))            
 # Creating Position values given by paste(fs$V1,'_', fs$V2,'_',fs$V4, sep="") and 'beta_values' given by fs$V12
 fs_reorder <- data.frame(paste(fs$V1,'_', fs$V2,'_',fs$V4, sep=""), fs$V12)
 mat[,i] <- as.matrix(fs_reorder)
}

#文件数=300
#矩阵33000 x 300
file.list您遇到了一些数据类型问题（可能？如果没有看到任何可复制的内容，就很难确定）<代码>矩阵（“数字”，…）

将为每个条目创建一个

字符

矩阵，其中包含

“数字”

。您使用的

columns

向量似乎在指定列的名称，但在

fread

的

colClasses

参数中使用它。使用

paste

时，您创建了一个

character

类对象，该对象被

data.frame（）

强制为

factor

。

fs\u reorder

似乎是一个两列数据框，其中第一列是

factor

，第二列是

fs$V12

所属的任何类，但随后将其转换为一个（2列）矩阵，并尝试将其压缩为一列

mat

。此外，还不清楚for循环迭代是否有效，或者问题是否只存在于其中一列。（for循环中的

print（i）

行可以帮助您跟踪它的进度以找出问题。）有太多潜在的bug，我猜它们都不起作用。摆脱

for

循环，用

i逐行检查代码。如果你需要额外的帮助，你需要，最好是最小的，比如说，一个5行测试文件，而不是（大概）33k行测试文件。所以我接受了你的建议，上面列出的更改-请注意-
Error in mat[, i] <- as.matrix(fs_reorder) : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

> i=1
> fs <- fread(file.list[i], select=c(1,2,4,12)) 
> mat <- matrix(nrow = nr, ncol = length(file.list))  
> fs_reorder <- data.frame(paste(fs$V1,'_', fs$V2,'_',fs$V4, sep=""), fs$V12)
> mat[,i] <- as.matrix(fs_reorder)
Error in mat[, i] <- as.matrix(fs_reorder) : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
> mat<- as.matrix(fs_reorder)

file.list_main <- list.files(pattern = "txt$")
file.list = file.list_main[1:2]
n   = length(position_mat)
k   = length(file.list)
mat <- matrix(nrow=n, ncol=length(file.list))
for (i in 1:length(file.list)) {
 fs <- fread(file.list[i], select=c(1,2,4,12))
 fs_reorder <- data.frame(paste(fs$V1,'_', fs$V2,'_',fs$V4, sep=""), fs$V12)
 positions = (paste(fs$V1,'_', fs$V2,'_',fs$V4, sep=""))
 betas = fs$V12    
 for(j in 1:k){
   for(i in 1:n){
        mat[i,j] = (positions[i]*betas[j])
   }
 }
}

Error:

Error in positions[i] * betas[j] : 
  non-numeric argument to binary operator

set.seed(20430)
n   = 1000
k   = 3

fileA = rnorm(n)
fileB = rnorm(n)
fileC = rnorm(n)
positions = paste("loveletters_",rnorm(n),sep="")
betas <- cbind(fileA, fileB, fileC)
for(j in 1:k){
   for(i in 1:n){
        x[i,j] = (positions[i]*betas[j])
   }
}

Results:
Error in positions[i] * betas[j] : 
  non-numeric argument to binary operator

> length(positions)
[1] 1000
> ncol(betas)
[1] 3
> nrow(betas)
[1] 1000