R 使用交换行/列跨两个不同的数据帧进行t检验？

对不起，这个标题让人困惑，这个有点难以描述。基本上，我有两个类似的数据表：

df1 <- data.frame(SNP=c("W", "X", "Y", "Z"),
                  Gene.ID=c("A", "B", "C", "B"), pval=NA)
df2 <- data.frame(W=c(1, 0, 1), X=c(1, 1, 0), Y=c(0, 0, 1), Z=c(1, 0, 1),
                  A=c(3.5, 2.5, 3.5), C=c(4.5, 2.5, 1.5), B=c(1.5, 2.5, 1.5))

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df1我不明白您为什么认为这不起作用-我认为您的代码中有语法错误。以下代码似乎工作正常（请注意使用
sapply
，这在R中稍微有点传统）：

df1[，3]此处使用
which（colnames（df2）…
可能不是最佳选择，因为您只需选择
df2
中包含
df1[i，1]
或
df1[i，2]
作为名称的列

在R中，通过名称选择列的一种方法是使用双括号：例如，
df2[[“a”]
将检索
df2
的
a
，这似乎是您想要的，并且比
df2[（colnames（df2）=“a”）]更简单

考虑到这一点，您可以像这样重写代码：

for (i in 1:nrow(df1)){
  test <- t.test(df2[,which(colnames(df2)==df1[i, 1]] ~ df2[,which(colnames(df2)==df1[i, 2]])
  df1[i, 3] <- test$p.value
}

for (i in 1:nrow(df1)){
  test <- t.test(df2[[df1[i, 2]]] ~ df2[[df1[i, 1]]])
  df1[i, 3] <- test$p.value
} 

for（i in 1:nrow（df1））{
测试可能我只是做错了什么，但我似乎无法让colnames只处理一列。例如，如果我要键入
colnames（df[，1]）
输出为空，其中as
colnames（df[，1:2]
返回SNP和Gene.ID。查看
df[，1]
vs
df[，1:2]
或
df的输出[，1，drop=FALSE]
，请参阅以下部分（8.1.44和45）：顺便说一句，我不是说我的话听起来很短-这是一个常见的错误，事实上，你只是希望R的行为符合逻辑和一致性-我相信随着时间的推移，你会停止这样做：）这个双括号技巧真的很方便！我没想到没有$operator你就可以做到这一点。谢谢你的提示！是的，我非常喜欢
$
，它使用起来更简单，但是
[…]
提供了更多的功能。
for (i in 1:nrow(df1)){
  test <- t.test(df2[[df1[i, 2]]] ~ df2[[df1[i, 1]]])
  df1[i, 3] <- test$p.value
}