R重新编译包失败，因为失败

在我的linux集群上，我在重新编译需要重新编译的R包时遇到问题 在最新版本中删除了

libRcpp.so

。最终目标是 以使R包DEseq2运行。我们安装了一个新版本 在

/opt/bin

目录中的g++的库在

/opt/lib64

中有新的库。我有 还创建了具有以下指令的

.R/Makevars

：

CXX=/opt/bin/g++ -Wl,-rpath,/opt/lib64 -Wl,-L,/opt/lib64

 -Wl,-llibstdc++ CC=/opt/bin/c++ -Wl,-rpath,/opt/lib64 -Wl,-L,/opt/lib64 -Wl,-llibstdc++ 
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS= -fopenmp

---

“各种版本的Makevars都失败了，这只是我最新的尝试 克服了加载程序在链接时找不到libstdc++的问题 犰狳。如您所见，它在

/usr/lib64

中查找，而不是

/opt/lib64

。好像忽略了我的

-Wl

指令。我 以sudo的身份运行R

此外，my.bashrc还具有：

LD_LIBRARY_PATH=/opt/lib64:/opt/lib64/R/library/Rcpp/libs:$LD_LIBRARY_PATH:~/lib:~/perl/lib:~/lib/bamtools

LD_RUN_PATH=/opt/lib64:$LD_RUN_PATH:~/lib

export LD_LIBRARY_PATH 
export LD_RUN_PATH

---

下面是我在R中编译新包时得到的结果 重新编译：

---

警告信息：

In install.packages(onCRAN, lib = lib, repos = rep) :
   installation of package RcppArmadillo had non-zero exit code

两条简短评论：

CXX=/opt/bin/g++-Wl，-rpath，/opt/lib64-Wl，-L，/opt/lib64

中的

CXX

的定义有点不寻常，因为它混合了链接器指令（对于

ld

二进制文件）。我会在没有任何提示的情况下重试

编译RcppArmadillo时出现的错误没有什么意义，它应该尝试加载

libRcpp.so

。

'GLIBCXX_3.4.9'未找到

表明您可能有路径设置

我会尝试一个更简单的设置，更少的铃声和口哨声，然后从内到外工作：重建/重新安装Rcpp，然后是RcppArmadillo等等。它适用于使用更多标准设置的许多人

 /tmp/RtmpZty35f/downloaded_packages

In install.packages(onCRAN, lib = lib, repos = rep) :
   installation of package RcppArmadillo had non-zero exit code