R 寻找第一集
我试图创建一个向量来指示序列的结束 我的数据如下所示:R 寻找第一集,r,sequence,R,Sequence,我试图创建一个向量来指示序列的结束 我的数据如下所示: id time var wake 1 1 1 sleep 0 2 1 2 sleep 0 3 1 3 sleep 0 4 1 4 0 0 5 1 5 0 0 我想要的是这个(想要的输出) 我在想类似的事情 library(dplyr) dt$time = as.numeric(as.character(dt$time)) dt$v
id time var wake
1 1 1 sleep 0
2 1 2 sleep 0
3 1 3 sleep 0
4 1 4 0 0
5 1 5 0 0
我想要的是这个(想要的输出)
我在想类似的事情
library(dplyr)
dt$time = as.numeric(as.character(dt$time))
dt$var = ifelse(dt$var == 'sleep', 1, 0)
dt = dt %>% group_by(id) %>%
mutate(grp = cumsum(var != lag(var, default = var[1])))
dt$wake = 0
dt$wake [dt$grp == 1] <- 1
一次通过库
数据。表:
setDT(dt)
dt[,wake:=( c(0,diff( rleid(var) ) == 1) & var != "sleep"),by=id]
其思想是获取var的运行长度编码(rleid
):
当从睡眠状态变为0或从0变为睡眠状态时,其差值为+1;当改变组时,其差值为负值(从1开始):
如果它是1,而var不是sleep,则获取一个真值(如果将整个内容包装为.numeric
,则可能是1)
输出:
nrow id time var wake
1: 1 1 1 sleep FALSE
2: 2 1 2 sleep FALSE
3: 3 1 3 sleep FALSE
4: 4 1 4 0 TRUE
5: 5 1 5 0 FALSE
6: 6 1 6 0 FALSE
7: 7 1 7 0 FALSE
8: 8 1 8 sleep FALSE
9: 9 1 9 sleep FALSE
10: 10 1 10 sleep FALSE
11: 11 2 1 sleep FALSE
12: 12 2 2 sleep FALSE
13: 13 2 3 sleep FALSE
14: 14 2 4 sleep FALSE
15: 15 2 5 sleep FALSE
16: 16 2 6 0 TRUE
17: 17 2 7 0 FALSE
18: 18 2 8 0 FALSE
19: 19 2 9 sleep FALSE
20: 20 2 10 sleep FALSE
以下内容应适用于dplyr
:
library(dplyr)
dt <- dt %>% group_by(id) %>%
mutate(wake = as.integer(var == '0' & var != lag(var, default = var[1])))
##Source: local data frame [20 x 4]
##Groups: id [2]
##
## id time var wake
## <fctr> <fctr> <fctr> <dbl>
##1 1 1 sleep 0
##2 1 2 sleep 0
##3 1 3 sleep 0
##4 1 4 0 1
##5 1 5 0 0
##6 1 6 0 0
##7 1 7 0 0
##8 1 8 sleep 0
##9 1 9 sleep 0
##10 1 10 sleep 0
##11 2 1 sleep 0
##12 2 2 sleep 0
##13 2 3 sleep 0
##14 2 4 sleep 0
##15 2 5 sleep 0
##16 2 6 0 1
##17 2 7 0 0
##18 2 8 0 0
##19 2 9 sleep 0
##20 2 10 sleep 0
库(dplyr)
dt%分组单位(id)%>%
mutate(wake=as.integer(var='0'&var!=lag(var,default=var[1]))
##来源:本地数据帧[20 x 4]
##组别:id[2]
##
##id时间变量唤醒
##
##1睡眠0
##2 1 2睡眠0
##3 1 3睡眠0
##4 1 4 0 1
##5 1 5 0 0
##6 1 6 0 0
##7 1 7 0 0
##818睡眠0
##9 1 9睡眠0
##10110睡眠0
##11 2 1睡眠0
##12 2睡眠0
##13 2 3睡眠0
##14 2 4睡眠0
##15 2 5睡眠0
##16 2 6 0 1
##17 2 7 0 0
##18 2 8 0 0
##1929睡眠0
##20 2 10睡眠0
将var
与var
的lag
进行比较,如OP检测过渡(或发作)在sleep
和0
之间,但添加var
需要为0
的条件,以仅标记从sleep
到0
的转换,使wake
成为1
不是很优雅,但这可以完成工作。
确保事先按id和时间对dt
进行排序
dt$id <- as.character(dt$id)
dt$time <- as.integer(as.character(dt$time))
dt$var <- as.character(dt$var)
dt <- dplyr::arrange(dt, id, time)
dt$wake <- 0
dt$wake[which(dt$var == "0" & lag(dt$var) == "sleep" &
dt$id == lag(dt$id))] <- 1
dt$id一种丑陋的方法是用i:th值减去i:th+1,看看睡眠是否结束,如下所示:
vec<-ifelse(dt$var=="sleep",1,0) #creating a vector for sleeping/not sleeping
tg<-c(0,vec[1:(length(vec)-1)])-vec #if values are == 1, i.e. first episode of not sleeping
library(dplyr)
dt %>% group_by(id) %>% mutate(wake = c(0, diff(var == 0) > 0)) %>% ungroup()
编辑:由于下面的评论,我更新了我的答案
vec<-ifelse(dt$var=="sleep",1,0)
lapply(unique(dt$id), function(x) ifelse(c(0,vec[min(which(dt$id==x)):(max(which(dt$id==x))-1)])-vec[dt$id==x]==1,1,0))
vec假设您要为每个id
标记所有唤醒:
> dt[,rleid(var),by=id][,V1]
[1] 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 1 1 1 1 1 2 2 2 3 3
1)没有包请注意,如果x
和y
是逻辑的,则x-y>0
iffx
为TRUE
且y
为FALSE
。因此,我们有以下不使用软件包的产品:
transform(dt, wake = ave(var == 0, id, FUN = function(x) c(0, diff(x) > 0)))
2)dplyr也可以用dplyr这样写:
vec<-ifelse(dt$var=="sleep",1,0) #creating a vector for sleeping/not sleeping
tg<-c(0,vec[1:(length(vec)-1)])-vec #if values are == 1, i.e. first episode of not sleeping
library(dplyr)
dt %>% group_by(id) %>% mutate(wake = c(0, diff(var == 0) > 0)) %>% ungroup()
3)zoo我们可以使用rollappyr
沿着每个id
查找序列
c(FALSE,TRUE)
invar==0
。添加0
可确保结果为数字
library(zoo)
roll <- function(x) rollapplyr(x, 2, identical, c(FALSE, TRUE), fill = 0)
transform(dt, wake = ave(var == 0, id, FUN = roll) + 0)
像diff(rleid(dt$var))
这样的东西行吗?(使用data.table
中的rleid
)您可以澄清,如果id
具有var=c(“睡眠”、“睡眠”、0、0、“睡眠”、“睡眠”、0、0)
那么您想将所有waking标记为wake=c(0、0、1、0、0、1、0)
还是将第一个标记为wake=c(0、0、1、0、0、0)
谢谢。对不起,我对数据表不太熟悉。id
在这里是如何分组的?啊,对不起,我没有按id分组。我错过了你问题中的这一部分。我添加了by=id
,它将通过id计算rle:pIt很容易理解,用as.integer替换as.numeric,as wake=as.integer(var!=lag(var,default=var[1]))
library(dplyr)
dt %>% group_by(id) %>% mutate(wake = c(0, diff(var == 0) > 0)) %>% ungroup()
library(zoo)
roll <- function(x) rollapplyr(x, 2, identical, c(FALSE, TRUE), fill = 0)
transform(dt, wake = ave(var == 0, id, FUN = roll) + 0)
transform(out, wake = ave(wake, id, FUN = function(x) replace(0*x, which.max(x), max(x))))