在R中使用带有phylo对象（无根树）的割树

我想使用cutree（）函数将系统发育树聚类到指定数量的分支中。但是，phylo对象（无根系统发育树）不是非度量对象，因此在使用as.hclust.phylo（）时返回错误。其目标是在保持最大多样性的同时对树的顶端进行子采样，因此希望按指定数量的分支进行聚类（然后从每个分支中随机采样一个）。这将针对具有不同数量所需样本的多棵树进行。任何将无根树强制转换为hclust对象的帮助，或关于系统地将树（phylo对象）折叠为预定义数量的分支的不同方法的建议，都将不胜感激

library("ape")
library("ade4")



tree <- rtree(n = 32)

tree.hclust <- as.hclust.phylo(tree)

library（“ape”）
图书馆（“ade4”）
tree我不知道它是否是您想要的，但首先您必须使用
chronos（）
，
以下是一个可以帮助您解决问题的答案：
我认为，在距离“根”指定距离处折叠所有节点是生成群集的最佳方式。但是，我还没有找到这样做的函数。在使用链接获取答案时，您应该包括文档的相关部分。我只是这里的新手。你不必因此投反对票。
dm <- cophenetic.phylo(tree)


single <- hclust(as.dist(dm), method="single")
cutSingle <- as.data.frame(cutree(single, k=10))
color <- cutSingle[match(tree$tip.label, rownames(cutSingle)), 'cutree(single, k = 10)']

plot.phylo(tree, tip.color=color)