R 从输出文件重定向，以便可以捕获

程序

foo

写入输出文件，并将诊断信息打印到

stdout

因此：

在

/out

中产生有价值的内容，在

日志中产生一些杂乱无章的内容

我需要将
/out
读入另一个程序（我正在编写的
R
脚本）

写入文件
/out
并再次读取的中间步骤很慢，我需要对大型
/out
文件执行数百次

我想执行某种重定向，以便
foo
写入文件描述符，而不是可以直接读入脚本的文件
/out
。但是，
stdout
已被使用

以下是我尝试过的：

在
R
中：

library(data.table)
fread(cmd = "foo -o /dev/stdout -i ./input > /dev/null")

但我有一个错误：

  File '/data1/tmp/RtmpkKIpBm/fileeb789130da8e3' has size 0. Returning a NULL data.table.

演示：

说明：

每个进程都有自己的标准输出。使用
/foo-o/dev/stdout&>/dev/null
，您告诉
foo
将其有价值的信息输出到自己的stdout中，即
/dev/null
。但是使用
/foo-o>（cat）和>/dev/null
，您告诉
foo
将其有价值的信息输出到某个管道中，该管道转到
cat
，其标准输出不是
/dev/null
，而是从shell继承的

在演示中，shell的stdout是终端，但如果它来自R的
fread（）
，则shell的stdout和
cat的stdout都会转到
fread（）
可以读取它们的地方。
试试看

foo -o /dev/fd/3 -i ./input 3>&1 1>/dev/null


在运行命令之前，将处理重定向
重定向是从左到右处理的
3>&1
导致写入文件描述符3的任何内容转到当前
stdout
1>/dev/null
导致写入
stdout
的任何内容转到
/dev/null
写入
/dev/fd/3
然后写入原始
stdout
该代码应与任何支持
/dev/fd
目录的系统上的任何符合POSIX的shell一起使用
/dev/fd
目录不是POSIX的一部分，但它在许多类似Unix的系统上都受支持，包括Linux、FreeBSD、macOS和Solaris
您可以在bash中尝试此操作：
foo-o>（您的\R\u脚本）-i./input>log
good idea@M.NejatAydin，但我实际上是在R脚本中调用bash命令……我忽略了这一点。我不熟悉
R
。是从
R
还是从
foo
得到的错误？也许您可以在调用
foo
时尝试
-o-
。在我看来，错误来自于行
库（data.table）
foo -o >(cat)  -i ./input  > log

$ cat foo 
#!/bin/bash

if [ "$1" != "-o" ]; then
    exit 2
fi
echo "mumbo jumbo stdout" >&1
echo "valueable info" > "$2"
echo "mumbo jumbo stderr" >&2 # threw in stderr for good measure
$ ./foo -o x
mumbo jumbo stdout
mumbo jumbo stderr
$ cat x
valueable info
$ rm x
$ ./foo -o /dev/stdout
mumbo jumbo stdout
valueable info
mumbo jumbo stderr
$ ./foo -o /dev/stdout &>/dev/null
$ ./foo -o >(cat) &>/dev/null
valueable info

foo -o /dev/fd/3 -i ./input 3>&1 1>/dev/null