R中的deSolve给出了不正确的中间值

我在deSolve的R中遇到ode解算器问题

我发现解算器为变量提供了非零的中间值，这些变量应始终等于零。在我开始尝试使用if（R>0）{browser（）}之类的测试进行调试之前，它看起来并不是一个问题，这会被触发

我的代码如下。提前谢谢

艾伦

库（deSolve）
simpleSIR首先，我不知道您是否理解状态变量和参数之间的差异

R
（在您的情况下）是一个状态变量。这意味着，在模拟开始时（t=0）
R=0
。但随着时间的发展，这种情况可能会改变。查看您的状态变量S

您的参数beta和gamma在计算过程中不会改变

然后你可以简化你的代码。使用此行代替您对
par
和
init
的定义：

par <- c(beta = 0.3, gamma = 0.0)

init <- c(S = 0.99, I = 0.01, R = 0)

您还可以简化绘图：

matplot(out[,1], out[,2:4], type = "l", col = c("black", "red", "blue"))

问候,

我认为你的问题在于，
ode（）
中数值积分的默认方法是
lsoda
。该方法可以在刚性和非刚性问题的解算器之间切换。如果您切换到刚性解算器，则会对雅可比矩阵进行数值求值，这可能会导致您看到的数值错误。
您可以在以下代码中看到这可能是原因：

out <- deSolve::ode(y = init, times = times, func = simpleSIR, parms = par,maxsteps=2000)
deSolve::diagnostics.deSolve(out)

out为什么要检查函数内部的
R>0
，而不是检查输入？但无论如何，仔细看看这两个答案。这不是我的代码，而是一个简单的例子。我认为刚性/非刚性解算器是解决方案。这还不太清楚：根据文档，如果问题实际上是刚性的或非刚性的，
lsoda
会自动选择（而不是切换）合适的解算器。你是否建议原始方程组根据当前值进行某种切换？虽然我找不到算法的详细解释，但我的理解是，该方法确实在运行时切换。（“它最初使用nonsiff方法，并动态监视数据以决定使用哪个方法。”）。如果你有更多关于算法的细节，我很高兴听到！杰出的非常感谢。切换到rk4会阻止这种情况。我没有意识到lsoda转换了解算器。很高兴它有帮助！请考虑接受为您工作的答案（StAdvOx.com／帮助/某人回答）。谢谢。上面的人回答了我的问题R’是一个状态变量，但在整个模拟过程中，它应等于零，因为gamma=0。
matplot(out[,1], out[,2:4], type = "l", col = c("black", "red", "blue"))

out <- deSolve::ode(y = init, times = times, func = simpleSIR, parms = par,maxsteps=2000)
deSolve::diagnostics.deSolve(out)

out.rk4 <- deSolve::ode(y = init, times = times, func = simpleSIR,method = "rk4", parms = par,maxsteps=2000)