R 如何使用xlim或ylim停止或排斥重叠点
我真的在为可能是一个非常简单的图形而挣扎 对于我的火山图,使用R中的以下代码:R 如何使用xlim或ylim停止或排斥重叠点,r,ggplot2,ggrepel,R,Ggplot2,Ggrepel,我真的在为可能是一个非常简单的图形而挣扎 对于我的火山图,使用R中的以下代码: > vol+geom_label_repel(data = subset(data, color=="Increased"), aes(label=gene)) 我得到以下图片: 但是,如果我尝试使用xlim将标签限制在右上象限: vol+geom_label_repel(data = subset(data, color=="Increased"), aes(label=gene), xlim = c()
> vol+geom_label_repel(data = subset(data, color=="Increased"), aes(label=gene))
我得到以下图片:
但是,如果我尝试使用xlim将标签限制在右上象限:
vol+geom_label_repel(data = subset(data, color=="Increased"), aes(label=gene), xlim = c())
无论我输入了什么xlim或ylim值,也不管它在代码中的位置,我都会得到以下错误:
Warning: Ignoring unknown parameters: xlim
有人能建议我如何让ggrepel将标签放置在右上方象限中,而不是重叠点吗
sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.1
Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/C/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8
attached base packages:
[1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] bindrcpp_0.2 readr_1.1.1 DESeq2_1.16.1 SummarizedExperiment_1.6.3
[5] DelayedArray_0.2.7 matrixStats_0.52.2 Biobase_2.36.2 GenomicRanges_1.28.5
[9] GenomeInfoDb_1.12.2 IRanges_2.10.3 S4Vectors_0.14.4 BiocGenerics_0.22.0
[13] ggrepel_0.6.5 dplyr_0.7.3 ggplot2_2.2.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] httr_1.3.1 tidyr_0.7.1 viridisLite_0.2.0 bit64_0.9-7
[5] jsonlite_1.5 splines_3.4.1 Formula_1.2-2 assertthat_0.2.0
[9] latticeExtra_0.6-28 blob_1.1.0 cellranger_1.1.0 GenomeInfoDbData_0.99.0
[13] RSQLite_2.0 backports_1.1.0 lattice_0.20-35 glue_1.1.1
[17] digest_0.6.12 RColorBrewer_1.1-2 XVector_0.16.0 checkmate_1.8.3
[21] colorspace_1.3-2 htmltools_0.3.6 Matrix_1.2-11 plyr_1.8.4
[25] XML_3.98-1.9 pkgconfig_2.0.1 genefilter_1.58.1 zlibbioc_1.22.0
[29] purrr_0.2.3 xtable_1.8-2 scales_0.5.0 BiocParallel_1.10.1
[33] htmlTable_1.9 tibble_1.3.4 annotate_1.54.0 nnet_7.3-12
[37] lazyeval_0.2.0 readxl_1.0.0 survival_2.41-3 magrittr_1.5
[41] memoise_1.1.0 foreign_0.8-69 tools_3.4.1 data.table_1.10.4
[45] hms_0.3 stringr_1.2.0 plotly_4.7.1 munsell_0.4.3
[49] locfit_1.5-9.1 cluster_2.0.6 AnnotationDbi_1.38.2 compiler_3.4.1
[53] rlang_0.1.2 grid_3.4.1 RCurl_1.95-4.8 htmlwidgets_0.9
[57] labeling_0.3 bitops_1.0-6 base64enc_0.1-3 gtable_0.2.0
[61] DBI_0.7 R6_2.2.2 gridExtra_2.3 knitr_1.17
[65] bit_1.1-12 bindr_0.1 Hmisc_4.0-3 stringi_1.1.5
[69] Rcpp_0.12.12 geneplotter_1.54.0 rpart_4.1-11 acepack_1.4.1
下面是使用
xlim
和ylim
在geom\u label\u repel
中的示例:
library(ggplot2)
library(ggrepel)
set.seed(1)
iris2 <- iris[sample(1:nrow(iris), 20),]
ggplot(iris2, aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width)) +
geom_point() +
geom_label_repel(aes(label=Species), xlim=c(6,8), ylim=c(3.2,4))
库(ggplot2)
图书馆(ggrepel)
种子(1)
iris2只是一个注释,我在我的数据和尝试中也看到了这一点,该区域中的标签现在确实重叠,这让IMG感到恼火,因为这是ggrepel的点。此外,我上面的exmaple中的标签与点重叠,我再次认为这是ggrepel的点,以避免重叠点或标签?我还没有对这种类型的绘图进行过广泛的测试。有一个弹簧力将文本标签拉向其数据点。我猜当你把标签拉离它们的点这么远的时候,力会变得太大。也许我需要将弹簧力作为一个参数提供给想要削弱它的用户。@Marco,弹簧力参数有什么更新吗?我希望能够将geom_标签_repel放在我图形的特定段中,而不让它们在该段中重叠