R中的双聚类

我想在R中的二进制矩阵上应用集群。有一个很好的包叫做“biclust”，但它确实可以，并且并没有显示我想要的一切

我有一个二元矩阵，如下所示：

1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0

我的目标是将其双聚类（并显示）如下（可能是彩色的）：

设置代码：

# install.packages("biclust") (if necessary)
library("biclust")

testMatrix <- matrix(c(1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0),
                     nrow = 7,
                     ncol = 7,
                     byrow = TRUE)

我可以通过以下方式分别显示群集：

drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

我可以通过以下方式显示整个集群矩阵（左上角的一个集群）：

到目前为止还不错，但我想：

显示器颜色切换。现在，1为红色，0为绿色

我想查看原始矩阵的行和列。现在只显示了特定集群的行号和列号（使用drawHeatMap），而在整个集群矩阵（drawHeatMap 2）中没有显示行号和列号

我想要一个有序的聚集矩阵。现在，只有drawHeatmap2中指定的集群显示在左上角，但对于矩阵的其余部分，我还希望其他集群从左上角到右下角有序排列

这些更改是否可能（使用“biclust”包）？还是用R的另一种方式更好？

更改biclust source package中的drawHeatmap（）函数：

跟踪（“drawHeatmap”，编辑=TRUE）

更改以下内容：
（a） 切换红色和绿色-在调用rgb（）中切换rvect和gvect（） （b） 原始行名而不是新的-将“labels=”更改为“=bicCols”和“=bicRows”

打印行号：在轴之前关于行：cat（行）

将行号保存到文件-在axis之前关于行：写入（bicRows，file=“FILENAME.txt”）

---

使用bicluster包的源代码@RobbertRaats，你知道怎么回事吗？@Turcia，我已经更改了biclust源代码包中的drawHeatmap（）函数：1。trace（“drawHeatmap”，edit=TRUE）2。更改以下内容：（a）切换红色和绿色-在调用rgb（）中切换rvect和gvect（b）原始行名而不是新行名-将“labels=”更改为“=bicCols”和“=bicRows”。3.打印行号：在轴之前关于行：cat（行）。4.将行号保存到文件-在axis之前关于行：write（bicRows，file=“FILENAME.txt”）。谢谢Robber，它真的帮助了我。

testCluster <- biclust(x = testMatrix, method=BCBimax())

An object of class Biclust 
call:
biclust(x = testMatrix, method = BCBimax())
Number of Clusters found:  2 
First  2  Cluster sizes:
                      BC 1  BC 2
Number of Rows:       3     2
Number of Columns:    3     2

drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)