为什么RMarkdown不显示代码输出？

我正在Windows 10上使用RStudio。请帮助我在编写降价文件时获得要包含在输出文档中的R系统函数的输出。我已经尝试了许多组合块选项，我发现在

在控制台中，输出：

system('java -version')

是:

java版本“1.8.0_261”
Java（TM）SE运行时环境（build 1.8.0_261-b12）
Java HotSpot（TM）64位服务器虚拟机（构建25.261-b12，混合模式）

但是，当我将其放入RMardown文档中时：

---
title: "Code Chunk Not Displaying Output"
output: html_document
---

```{r test}
system('java -version')
```

不幸的是，区块的格式化输出不是显示我的java版本，而是：

## [1] 0

在前面，使用：

system2（“java”，“-version”，stderr=TRUE）

（如果您想确保调用的任何命令，而不仅仅是

java

，那么（1）假设它接受

-version

，并且（2）还添加

stdout=TRUE

。如果没有要捕获的

stdout

，那么它不会造成伤害。）

为什么？ 这是关于文件描述符（fd）的（快速）讨论。当程序运行时，它可能会接受文件描述符0上的数据（或其他内容），这通常称为标准输入或

stdin

。它可以在任意数量的文件描述符上发出（发送文本/值/数据），但通常大多数程序至少使用fd1（标准输出，

stdout

），通常但并不总是使用fd2（标准错误，

stderr

）。原因是命令行实用程序可以在

stdout

上捕获预期输出，并在

stderr

上捕获错误/警告。换言之：

#/--这是重定向stdout
#|/--这是重定向stderr
#v v
$somecommand-arg1-arg2>output.log 2>error.log

将预期（正常）输出发送到文件

output.log

，并将任何非标准（或带外或警告或调试或…）发送到

error.log

。在许多情况下，一个空的

错误.log

是一件好事，也是“预期的”

在我的初始测试期间，由于我没有java，我使用的是

ls--version

，而

/bin/ls

将其版本信息发送到

stdout

。显然，

java

使用了

stderr

（我最后通过切换到一个应该使用

stderr

的命令进行了验证：在没有

java

的情况下，最简单的复制方法是：

---
title: "Code Chunk Not Displaying Output"
output: html_document
---

```{r test}
system("ls --versiommmmm", intern = TRUE)
```

其中（1）没有预期的

ls:unknown选项--versiommmm

输出，以及（2）返回

#[1]2

，指示退出状态为2。（大多数实用程序使用退出状态为0表示“一切正常”，以及其他任何错误。一些实用程序甚至会发出特定错误的特定退出状态，但通常可以安全地假设“not

0

表示某些错误条件”。）

为了让R执行系统调用并捕获stderr，我切换到

system2

，它允许人们捕获

stderr=

（以及

stdout=

）

注:

• system2

  将要运行的命令作为其第一个参数，然后将所有后续参数作为字符向量，如下所示：

  system2（“java”，c（“Echo”，“喝热java”））
  

  将使用两个参数调用

  java

  ，

  “Echo”

  和字符串（实际上，这不太正确……请参阅下一个项目符号）

• system

  和

  system2

  在引用东西方面都做得很差。如果您的任何参数都有嵌入空格，例如前一个项目符号中的调用，那么该命令实际上看起来是单个参数。因此前一个项目符号的命令实际上使用四个参数调用

  java

  ，相当于<代码> C（“Enter”，“Cudie”，“Head”，“Head”，“java”）< /C>。（我和很多人认为这是一个很重要的问题，代码< Stult2S/<代码>。解决方案包括使用<代码> SqOuts自己，或者使用<代码> Pyrxx < /Cuth>包，这是正确的。
• 不同的参数，其中

  system（…，intern=TRUE）

  的等价物是

  system2（…，stdout=TRUE）

  …您可以使用

  stderr=

---

来自“intern：一个逻辑（非NA），指示是否将命令的输出捕获为R字符向量”。请尝试

system（“java-version”，intern=TRUE）

（您看到的是退出代码，其中“0”通常表示“未遇到错误”）。可能与此相关。请尝试

system2（“java”，即--version”，stdout=TRUE，stderr=TRUE）

r2evans有效！想从中得出一个正式答案吗？注意，它应该是-version而不是-version还有一件事，stdout参数不是必需的，它有效：system2（“java”，“-version”，stderr=TRUE）