R 跨多个不同站点优化参数
我的数据看起来类似于以下内容R 跨多个不同站点优化参数,r,R,我的数据看起来类似于以下内容 Site Unknown_Parameter X Y Z Predicted Actual A 2 3 4 2 5 6 A 2 4 3 2 7 5 B 3 6 8 9 12 9 B 3 4 6 2 10 10 Site Optimal_Va
Site Unknown_Parameter X Y Z Predicted Actual
A 2 3 4 2 5 6
A 2 4 3 2 7 5
B 3 6 8 9 12 9
B 3 4 6 2 10 10
Site Optimal_Value RMSE
A 1.7 2.45
B 1.2 3.24
C 1.3 9.21
等等
我试图创建一个函数,通过确定未知参数的最佳值来最小化每个站点的RMSE。我可以使用以下伪代码一次为单个站点执行此操作
fn <- function(unknown_parameter) {
df$Predicted <- calculations with unknown_parameter and X Y Z
RMSE <- sqrt(mean((df$Predicted - df$Actual)^2))
RMSE
}
optimize(fn, c(1,10))
等等
我一直在尝试使用split命令,但这会将我的数据转换为一个列表,我不确定如何使用它。有任何想法吗?< P> >代码>拆分< /代码>通过输入因子的值产生一个子集数据框的列表,通过考虑“代码>”,也可以通过一个或多个因子对数据帧进行子集,但也可以将子集传递到函数中。要将所有数据帧绑定在一起,请在返回的列表上运行
do.call(rbind,…)
# USER-DEFINED METHOD RECEIVING subsetted df AS INPUT AND RETURNING dataframe AS OUTPUT
subset_process <- function(subdf) {
fn <- function(unknown_parameter) {
subdf$Predicted <- calculations with unknown_parameter and X Y Z
RMSE <- sqrt(mean((subdf$Predicted - subdf$Actual)^2))
return(RMSE)
}
opt <- optimize(fn, c(1,10))
tmp <- data.frame(Site = subdf$Site[[1]],
Optimal Value = opt,
RMSE = fn)
return(tmp)
}
# SPLIT + RUN METHOD ON EACH SUBSET
df_list <- by(df, df$Site, FUN=subset_process)
# APPEND ALL DF ELEMENTS INTO MASTER DF
final_df <- do.call(rbind, df_list)
#用户定义的方法,接收子集df作为输入,返回数据帧作为输出
subset_process您的psuedocode不显示单站点筛选器,而是在整个数据帧上运行。因此,对于单站点,我在前面运行了这一行以证明概念:data.frame中的df Error(Site=subdf$Site[[1]],Optimal_Value=opt,:未找到对象“subdf”。当我为tmp运行分配时,出现此错误。我应该以subdf的形式传递什么?当我在data.frame(Site=df$Site[[1]]中运行df_列表行错误时,也会出现此错误,Optimal_Value=opt,:参数意味着不同的行数:1,0I设法修复了前面的两个错误,但我得到的是每个站点完全相同的值和RMSE。我相信by命令没有正确地对数据进行子集设置,而是在每个站点的整个数据集上运行该函数。我让它工作了。忘记了将df更改为subdf。非常感谢!正确。将函数中的所有数据帧实例更改为参数subdf,就像我在这里使用的伪代码一样。很高兴提供帮助。编码愉快!