Knitr PDF正常，但没有内容和错误消息

从一开始，我就对R和RStudio中的所有函数都很熟悉，所以你们中的一些人可能会认为我问这个问题是个十足的白痴。顺便说一句：我把R制作的一些东西从德语翻译成英语

我正在MAC OS X上运行RStudio版本0.97.551，版本10.8.5

我正在尝试使用knitr编译PDF。我安装了knitr，使用library（）运行它，并将我的工作目录设置为与默认工作目录相同的目录，也就是包含用作数据集的.txt文件的文件夹。并已选择knitr作为编织Rnw文件的默认值。 然后，我从安装MacTex basic以用于我的LaTex，这是TeXLive（2013）的子集

到目前为止还不错

然后我打开一个新的swave文件，RStudio已经识别出我正在使用某种形式的TeX程序，然后插入以下内容：

\documentclass{article}

\begin{document}
\title{My first Knitr Output File}
\author{Oliver M. Fisher, MD}
\maketitle{BMI Category Crosstabulation}
<<>>=
attach(MIC1ELISANEW)
tab1=table(BMICat, Diagnosis)
tab1
summary(tab1)
@

<<>>=
tab1=table(MIC1ELISANEW$BMICat, MIC1ELISANEW$Diagnosis)
summary(tab1)
@

\end{document}

并打开一个PDF，如下所示（“nicht gefunden”在英语中的意思是“未找到”）：

我的第一个Knitr输出文件

Oliver M.Fisher，马里兰州，2014年2月3日

BMI类别交叉表

附加（MIC1ELISANEW）

表1=表格（BMICat，诊断）

表1

摘要（表1）

表1=表（MIC1ELISANEW$BMICat，MIC1ELISANEW$DIAGNOSION）

摘要（表1）

我试着输入R代码，方法是a）从R脚本文件复制和粘贴代码，从RStudio控制台复制和粘贴代码，并通过单击RStudio历史窗口中的图标将代码发送到“源代码”。什么都不管用。 如果有人能告诉我我做错了什么，我将非常感激

谢谢

奥利弗

---

另外，我试着发布一张图片，但没有足够的声誉来这么做….

使用

compilePDF

按钮运行一个使用

Rscript

的脚本，并且在

Rstudio

中看到的全局环境中不起作用

因此，脚本不会读入或加载

MIC1ELISANEW

，因此会出现错误

---

更新

knitr

的主要目的之一是可再现的数据分析，因此，

.Rnw

文件或其集合包含再现报告/分析的所有信息是明智的

因此，您的

.Rnw

文件应该创建所需的所有对象

只需添加所需的代码。例如：

\documentclass{article}

\begin{document}
\title{My first Knitr Output File}
\author{Oliver M. Fisher, MD}
\maketitle{BMI Category Crosstabulation}

<<>>=
# load the required data
MIC1ELISANEW <- read.table('relativepathtofile')
@

<<>>=
attach(MIC1ELISANEW)
tab1=table(BMICat, Diagnosis)
tab1
summary(tab1)
@

<<>>=
tab1=table(MIC1ELISANEW$BMICat, MIC1ELISANEW$Diagnosis)
summary(tab1)
@

\end{document}

\documentclass{article}
\开始{document}
\标题{我的第一个Knitr输出文件}
\作者{Oliver M.Fisher，医学博士}
\maketitle{BMI类别交叉列表}
=
#加载所需的数据
MIC1ELISANEW那么你的意思是，除了保存一个新的*.Rnw文件外，我还应该保存一个新的*.R文件，其中包含所有脚本，我将放入*.Rnw文件中？顺便说一句：一个半工作的解决方案是首先添加块加载（“.RData”），然后读取.table（“MIC1ELISANEW.txt”，header=TRUE），这至少使它能够访问包含在*.txt文件中的数据。但我现在已经尝试处理其他数据，现在我又回到了起点………@鱼-请参阅我的编辑。一个完全可复制的文档就是你想要的，即显式加载所有外部数据。啊，谢谢你！但我发现您首先要做的是在添加read.table（）代码之前添加代码read.delim（relativepathtofile）。最后一件事要麻烦你了，你知道吗，为什么当我在块之前把=作为一个tex参数时，pdf不会编译？我收到以下erorr消息：扫描出错（文件，what，nmax，sep，dec，quote，skip，nlines，na.strings，知道为什么吗？我也知道如果我add=我得到相同的问题，PDF编译将以相同的消息停止……谢谢你的朋友！Ofish-编辑你的问题并使问题重复。导致PDF编译停止的tex代码很简单：\documentclass{article}\begin{document}\title{MIC-1单变量和多变量分析}\author{Oliver M.Fisher，MD}\maketitle=ELISAPathComparison\u 3
Error:  Objekt ’MIC1ELISANEW’ nicht gefunden

Error:  Objekt ’BMICat’ nicht gefunden

Error:  Objekt ’tab1’ nicht gefunden

Error:  Objekt ’tab1’ nicht gefunden

Error:  Objekt ’MIC1ELISANEW’ nicht gefunden

Error:  Objekt ’tab1’ nicht gefunden

\documentclass{article}

\begin{document}
\title{My first Knitr Output File}
\author{Oliver M. Fisher, MD}
\maketitle{BMI Category Crosstabulation}

<<>>=
# load the required data
MIC1ELISANEW <- read.table('relativepathtofile')
@

<<>>=
attach(MIC1ELISANEW)
tab1=table(BMICat, Diagnosis)
tab1
summary(tab1)
@

<<>>=
tab1=table(MIC1ELISANEW$BMICat, MIC1ELISANEW$Diagnosis)
summary(tab1)
@

\end{document}