Limma RNA序列分析：使用voom_R_Bioconductor

Limma RNA序列分析：使用voom

Limma RNA序列分析：使用voom,r,bioconductor,R,Bioconductor,我需要使用limma进行RNA-Seq分析，我已经有两种情况下（无重复）61810转录本的标准化计数数据，即61810*2矩阵。我的“设计”模型矩阵是： (Intercept) sampletypestest 1 1 0 2 1 1 attr(,"assign") [1] 0 1 attr(,"contrasts") attr(,"contrasts")$sampletypes [1] "c

我需要使用

limma

进行RNA-Seq分析，我已经有两种情况下（无重复）61810转录本的标准化计数数据，即61810*2矩阵。我的“设计”模型矩阵是：

(Intercept) sampletypestest
1           1               0
2           1               1

attr(,"assign")

[1] 0 1

attr(,"contrasts")

attr(,"contrasts")$sampletypes

[1] "contr.treatment

当我在数据上使用

voom

时：

diff.expvoom（以及更一般的limma）需要复制。voom的全部目的是估计均值-方差关系。如果你在任何一组中都有任何复制品的话，那就行了。但是您没有任何复制，因此无法估计任何差异，因此错误是不可避免的。
欢迎来到stackoverflow vivek，既然您提出了一个问题，请制作一个可复制的示例，以便我们可以帮助您。同样在R中，如果您将数据（）
放在控制台上，您将获得大量数据集来处理，您可以使用其中一个来重现相同的问题。这可以帮助您开始，还请访问帮助，了解您是如何制作设计矩阵的？在limma中有一个这样做的函数。你遵循用户指南了吗？@Llopis-yah我按照手册做的。虽然手册中有复制的例子（2个野生型和3个突变型），但我这里没有。也许你会在bioconductor邮件列表中得到更多帮助，但第16节中有一个例子，他们使用了voom功能（16.1.6）。
  Error in approxfun(l, rule = 2) : 
  need at least two non-NA values to interpolate