Fatal编程技术网
  • r/
  • 跨行和跨列的R cor

跨行和跨列的R cor

r matrix

跨行和跨列的R cor,r,matrix,heatmap,correlation,R,Matrix,Heatmap,Correlation,您好，我目前有一个矩阵，其中基因为row.name，组织类型为colnames。如果我： > cor(matrix) > str(DataCor2) num [1:39453, 1:19] 0.502 7.974 33.462 0 14.543 ... - attr(*, "dimnames")=List of 2 ..$ : chr [1:39453] "AC205376.4_FG003" "GRMZM2G024563" ... ..$ : chr [1:19] "V1

您好，我目前有一个矩阵，其中基因为row.name，组织类型为colnames。如果我：

> cor(matrix)
> str(DataCor2)
 num [1:39453, 1:19] 0.502 7.974 33.462 0 14.543 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:39453] "AC205376.4_FG003" "GRMZM2G024563" ...
  ..$ : chr [1:19] "V18_Meotic_TasselR1" "V18_Meotic_TasselR2" ...
我得到了组织类型之间的相关性。 我想做的是得到每种组织类型的基因子集之间的相关性，我尝试了：

cor（v，t（v））

但我得到一个错误，说不兼容的维度。这是部分数据，我想看看不同组织类型的基因表达水平之间的相关性。热图看起来类似于Y轴上有基因，X轴上有组织的基质。希望它更有意义

假设您希望基于
前缀
对
基因进行
子集
并对每个
子集进行
cor


 res <- lapply(split(1:nrow(mat1), gsub("_.*", "", rownames(mat1))),
                               function(i) cor(mat1[i,]))



res

set.seed(29)
mat1 <- matrix(sample(0:80, 15*3, replace=TRUE), ncol=3,
   dimnames=list(paste(rep(c('V18', 'V19'), c(8,7)), LETTERS[1:15],
   sep="_"), paste0("AC", 1:3)))