带read.R表的向量

我想我可能把这件事想得太复杂了。我有一个文件要用于在R中绘制条形图。该文件如下所示：

## metadata
# filepath
## filename
# Started on: Tue Jul 30 10:46:57 EDT 2013


#HISTOGRAM    java.lang.Integer
READ:  1    2
-1  28  28
 0  27  29

  |
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# |             |   
  |  |          |
  |  |     |    |
  |__|_____|____|___|____
  -1(1) -1(2) 0(1) 0(2)

我想把我的数据做成一个条形图。我在想它会有点像这样：

## metadata
# filepath
## filename
# Started on: Tue Jul 30 10:46:57 EDT 2013


#HISTOGRAM    java.lang.Integer
READ:  1    2
-1  28  28
 0  27  29

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# |             |   
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  |__|_____|____|___|____
  -1(1) -1(2) 0(1) 0(2)

但我无法正确读取数据。这是我的代码：

# Parse the arguments
args <- commandArgs(trailing=T)
#Chart file
metricsFile  <- args[1]
#pdf file path and name that I want to produce
outputFile   <- args[2]

# Figure out where the firstLine and the chart are in the file and parse them out
startFinder <- scan(metricsFile, what="character", sep="\n", quiet=TRUE, blank.lines.skip=FALSE)
firstBlankLine=0
#finds empty strings
for (i in 1:length(startFinder))
{
        if (startFinder[i] == "") {
                if (firstBlankLine==0) {
                        firstBlankLine=i+1
                } else {
                        secondBlankLine=i+1
                        break
                }
        }
}

 #I accept some args and I read past some header information 
firstLine <- read.table(metricsFile, header=T, nrows=1, sep="\t", skip=firstBlankLine)
#prints "firstLine:  -1" "firstLine:  28" "firstLine:  28" 
secondLine <- read.table(metricsFile, header=T, nrows=1, sep="\t", skip=secondBlankLine)
#prints "secondLine:  -1" "secondLine:  27" "secondLine:  29"

# Then plot as a PDF
pdf(outputFile)
#I am just inputing firstLine here because I was trying to see how it works
#I get the error:'height' must be a vector or a matrix
barplot(firstLine,
        main=paste("Read",(i-1)," Distribution ",
        xlab="Counts",
        ylab="F/R Orientation")

dev.off()

正如我在代码中所评论的，我得到的错误是“height”必须是向量或矩阵。我不太了解R，不知道如何把它作为向量读入，而知道我目前是如何做的。我也不确定问题是否在于我使用的是barplot。难道只是“情节”更适合使用吗？也许我使用read.table不正确

您可以使用？unlist将data.frame转换为数字向量：

d <- read.table(file="YOURFILE", sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
barplot(unlist(d))

也许你得调整一下标签

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顺便说一句：你可以避免你的一线和二线部分。read.table将跳过以开头的注释行和空行。有关详细信息，请参见？read.table。

您能举个例子吗。否则，将无法调试。包括确切的输入文件，或其中的一部分，以及您正在使用的所有额外变量。。。您还可以加入dputfirstLine，这将非常有帮助。非常感谢。这实际上简化了我的代码。我没有看到readtable会跳过注释和空格。