R Golub白血病数据集:Affy ID到HUGO符号(或其他)

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我很难将Affy ID转换为其他一些标准符号以进行进一步处理: 我正在处理的数据是白血病数据集(Golub等人,1999年)。 我使用从Bioconductor项目检索到的golubEsets数据集

我试过这个教程(http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf) 与

#注释库
图书馆(“注释”)
图书馆(“hgu95av2.db”)
图书馆(“GO.db”)
#golub数据集库
图书馆(golubEsets)
数据(Golub_合并)

GeneIDGolub数据集不是由hgu95av2 affymetrix芯片生成的。它使用了较旧的hu6800

只需在R命令行中键入Golub_Merge,即可获得摘要信息,并将注释字段列为“Annotation:hu6800”


有关正确的注释库,请参见

这应该在biostar()上提出
# library for annotation
library("annotate")
library("hgu95av2.db")
library("GO.db")
#library for golub data set
library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
geneids <- featureNames(Golub_Merge)
# retrieve something usefull (e.g. gene name)
mget(geneids, hgu95av2GENENAME)