如何更改sqlite在Ubuntu Linux R上创建etilqs文件的临时文件夹？

我在Ubuntu上的R中运行sqldf，从一个包含千兆字节数据的大表中选择某些ID，这个过程根据inotifywait监控文件更改在/var/tmp下创建临时etilqs文件。然而，my/var/tmp位于一个小磁盘上，这偶尔会导致R出错。我找到了一个关于如何在Windows上更改sqlite的临时文件夹位置的方法，但我不知道如何使它在Linux下工作

library(sqldf)
customer_extr <- sqldf("select b.*, a.year, a.name from product as b left join customer as a on a.ID = b.ID", dbname = "/home/userName/customer.db")

当前，检查后未设置临时存储目录

Sys.getenv('temp_store_directory')

在运行R之前，我将环境变量设置为所需的临时文件夹：/mnt/tmp:

export SQLITE_TMPDIR=/mnt/tmp
export TMPDIR=/mnt/tmp

我已验证这已由成功设置

echo $SQLITE_TMPDIR 
echo $TMPDIR 

在Linux下,

Sys.getenv('SQLITE_TMPDIR') 
Sys.getenv('TMPDIR') 

在R

但是，我的sqldf步骤仍然将etilqs文件写入/var/tmp

我试着跑

dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store = 2") 

指示sqlite在内存中保存临时文件。但是，它仍在将etilqs文件写入/var/tmp

我想为/var/tmp创建一个符号链接，指向/mnt/tmp，但要做到这一点，我想我必须先删除文件夹/mnt/tmp。这并不理想，因为它是一个共享Linux服务器，/mnt/tmp的磁盘有时会被卸载。我不确定这是否会给其他应用程序和用户带来任何麻烦

我不知道如何检查/更改R中的sqlite3_temp_directory全局变量

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] sqldf_0.4-10 RSQLite_1.1  gsubfn_0.6-6 proto_1.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] DBI_0.5-1     memoise_1.0.0 Rcpp_0.12.8   digest_0.6.10 chron_2.3-47

---

我可以尝试将我的操作系统磁盘升级到一个更大的驱动器，但是没有办法告诉Linux下R中的sqlite在其他地方写临时文件吗？如有任何建议，将不胜感激

您可以让R使用不同的临时目录，它考虑环境变量的几种设置：

edd@max:~$ Rscript -e 'print(tempdir())'              # default
[1] "/tmp/RtmpUdPCFL"
edd@max:~$ TMPDIR="." Rscript -e 'print(tempdir())'   # overridden
[1] "./RtmpsJk2lP"
edd@max:~$ 

我们必须查看RSQLite和/或sqldf包的源代码，看看它们是否使用自己的设置，或者从R获取设置。如果是后者，我怀疑至少是sqldf，那么您有办法

---

但请记住在启动R之前设置TMPDIR（或类似设置）。

basic\u string:：resize

不是错误消息<代码>临时存储目录不是环境变量；您可以通过执行查询

PRAGMA temp\u store\u目录

来读取它。不管怎样，您想要使用的实际目录是什么？你能从R访问它吗？我运行了PRAGMA temp\u store\u目录，它返回空白。但我无法将其设置为其他值（路径）。我要使用的实际目录位于第二个硬盘驱动器/mnt/tmp上。是的，我可以访问它<当操作系统磁盘空间耗尽，sqldf在/var/tmp中创建了大量临时文件时，发生并停止了代码>基本字符串：：resize。这很有效！谢谢我不知道我需要将变量放在R的同一行。当我

先导出TMPDIR=。

然后运行

R

时，它对我不起作用。出于未知原因，

sqldf

仍然使用

/var/tmp

保存临时文件。这是一种shell约定。您还可以通过启动时读取的文件设置环境变量，请参阅

帮助（启动）

。

> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] sqldf_0.4-10 RSQLite_1.1  gsubfn_0.6-6 proto_1.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] DBI_0.5-1     memoise_1.0.0 Rcpp_0.12.8   digest_0.6.10 chron_2.3-47

edd@max:~$ Rscript -e 'print(tempdir())'              # default
[1] "/tmp/RtmpUdPCFL"
edd@max:~$ TMPDIR="." Rscript -e 'print(tempdir())'   # overridden
[1] "./RtmpsJk2lP"
edd@max:~$