无法在R centOS 7中使用BioLite-read.table中出错

我在centos 7上使用R，当我尝试安装bioconductor软件包时，我遇到以下错误

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), ?biocLite for help
> biocLite("affy")
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input

此错误似乎比仅

biocLite

更大，因为使用

read.table

的其他函数（如

affy

包中的

rma

）也会抛出相同的错误。我不知道如何解决这个错误。非常感谢您的帮助。谢谢

eset=rma(data,normalize=FALSE)
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input

@里奇棉

我不确定您所说的

选项（error=recover）

是什么意思，但我尝试了以下方法

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), ?biocLite for help
> biocLite("affy")
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input
> traceback()
9: stop("no lines available in input")
8: read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, 
       dec = dec, fill = fill, comment.char = comment.char, ...)
7: utils::read.delim(file, header = TRUE, comment.char = "#", colClasses = c(rep.int("character", 
       3L), rep.int("logical", 4L)))
6: tools:::.read_repositories(p)
5: setRepositories(ind = 1:20)
4: .biocinstallRepos(biocVersion = biocVersion)
3: .getContribUrl(biocVersion())
2: bioconductorPackageIsCurrent()
1: biocLite("affy")
> options(error=recover)
> biocLite("affy")
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: biocLite("affy")
2: bioconductorPackageIsCurrent()
3: .getContribUrl(biocVersion())
4: .biocinstallRepos(biocVersion = biocVersion)
5: setRepositories(ind = 1:20)
6: tools:::.read_repositories(p)
7: utils::read.delim(file, header = TRUE, comment.char = "#", colClasses = c(re
8: read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, dec = dec

Selection: 8
Called from: top level 
Browse[1]> 
eval(expr,envir,enclos)
eval(substitute(browser(skipCalls=skip),list(skip=7...

---

当文件存在但为空时，通常会出现错误消息

> system("touch /tmp/123")
> read.table("/tmp/123")
Error in read.table("/tmp/123") : no lines available in input

回溯显示

setRepositories（）

失败。看来源

> head(setRepositories, 9)

1 function (graphics = getOption("menu.graphics"), ind = NULL, 
2     addURLs = character())                                   
3 {                                                            
4     if (is.null(ind) && !interactive())                      
5         stop("cannot set repositories non-interactively")    
6     p <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R", "repositories") 
7     if (!file.exists(p))                                     
8         p <- file.path(R.home("etc"), "repositories")        
9     a <- tools:::.read_repositories(p)  

（在这种情况下，解决方案是删除上面提到的文件）或系统文件

file.path(R.home("etc"), "repositories")

对于后一种情况，对于我来说，从源代码获得的“factory fresh”安装

> length(readLines(p))
[1] 20

---

但海报可能会得到0。这在centOS中是一个损坏的安装，因此需要更多关于R版本和安装的信息。我相信最近R-devel、R-help或R bug tracker上都有关于这一点的帖子，但我一直找不到。

如果直接调用

read.table

会发生什么？工作正常。im定期使用

read.table

和

read.csv

R是否正确连接到internet？你能从Bioconductor下载其他软件包吗？克兰怎么样？错误发生后，

traceback（）

的输出是什么？如果使用

选项（error=recover）

重新运行，您会看到什么？在问题中添加了以下内容

> length(readLines(p))
[1] 20