R 输出聚类相似矩阵

我已经生成了一个pearson相似性矩阵，并使用pheatmap（使用hclust，method=“complete”进行聚类）绘制了结果。我想输出有序矩阵，但在R中，默认情况似乎只是按字母顺序排列所有内容

这是我的密码：

df <- cor(t(genes), method = "pearson")  
pheatmap(df, clustering_method = "complete")

这是电流输出（df）的样子：

     A     B     C    D  
A    1   0.5  0.25  0.1  
B  0.1     1   0.1  0.5    
C  0.5   0.2     1  0.2  
D    0   0.1   0.7    1

如何按hclust的顺序输出相似性矩阵

我已经找过了，但是我没有找到任何能完全满足我需要的东西。提前感谢您的帮助

（也很抱歉，我还不知道如何正确格式化所有内容）

编辑：也许一些视觉效果会有帮助。我的集群pheatmap输出如下所示：

我可以看到基因组的行为相似，但因为有太多的基因，所以不可能/没有必要阅读标签。我想找出哪些基因聚集在一起，但我无法输出有序矩阵

当我在不进行聚类的情况下绘制数据时，它如下所示：

---

因此，我所能得到的输出/数据对于进一步分析几乎毫无用处。

您希望如何订购？最好写出所需的输出。另外，请在当前输出中添加一些代码格式，这很难阅读（Ctrl+k是您的朋友）。老实说，我不确定输出会是什么样子，因为我没有集群输出（只是热图的png）。我只知道它不是按字母顺序排列的。好吧，如果不更好地理解预期的结果，就很难回答。您能否提供一些样本数据以便重现问题（即模拟版的

基因

）？

     A     B     C    D  
A    1   0.5  0.25  0.1  
B  0.1     1   0.1  0.5    
C  0.5   0.2     1  0.2  
D    0   0.1   0.7    1