将数据帧导出到R中的文本文件时出错

我试图将R中的数据帧写入文本文件，但返回到以下错误：

Error in if (inherits(X[[j]], "data.frame") && ncol(xj) > 1L)
             X[[j]] <- as.matrix(X[[j]]) : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

我不知道这个问题是由什么引起的。至于“缺少需要TRUE/FALSE的数据”，我只有一列包含TRUE/FALSE值，这些值都不缺少

数据帧的内容：

> str(df)
'data.frame':   776 obs. of  15 variables:
 $ Age         : Factor w/ 4 levels "","A","J","SA": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
 $ Sex         : Factor w/ 2 levels "F","M": 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 ...
 $ Rep         : Factor w/ 11 levels "L","NR","NRF",..: 1 1 4 4 2 2 2 2 2 2 ...
 $ FA          : num  61.5 62.5 60.5 61 59.5 59.5 59.1 59.2 59.8 59.9 ...
 $ Mass        : num  20 19 16.5 17.5 NA 14 NA 23 19 18.5 ...
 $ Vir1        : num  999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
 $ Vir2        : num  999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
 $ Vir3        : num  40 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
 $ Location    : Factor w/ 4 levels "Loc1",..: 4 4 4 4 4 4 2 2 2 2 ...
 $ Site        : Factor w/ 6 levels "A","B","C",..: 5 5 5 5 5 5 3 3 3 3 ...
 $ Date        : Date, format: "2010-08-30" "2010-08-30" ...
 $ Record      : int  35 34 39 49 69 38 145 112 125 140 ...
 $ SampleID    : Factor w/ 776 levels "AT1-A-F1","AT1-A-F10",..: 525 524 527 528
                                                                 529 526 111 78
                                                                 88 110 ...
 $ Vir1Inc     : logi  FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
 $ Month       :'data.frame':   776 obs. of  2 variables:
  ..$ Dates: Date, format: "2010-08-30" "2010-08-30" ...
  ..$ Month: Factor w/ 19 levels "Apr-2011","Aug-2010",..: 2 2 2 2 
                                                           2 2 18 18 18 18 ...

我希望我已经提供了足够/正确的信息

非常感谢,，

---

Heather

一个重现错误的示例。我创建一个嵌套的data.frame：

Month=data.frame(Dates= as.Date("2003-02-01") + 1:15,
                 Month=gl(12,2,15))
dd <- data.frame(Age=1:15)
dd$Month <- Month
str(dd)
'data.frame':   15 obs. of  2 variables:
 $ Age  : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Month:'data.frame':  15 obs. of  2 variables:
  ..$ Dates: Date, format: "2003-02-02" "2003-02-03" "2003-02-04" ...
  ..$ Month: Factor w/ 12 levels "1","2","3","4",..: 1 1 2 2 3 3 4 4 5 5 ...

---

agstudy的解决方案提供了一个很好的快速修复方案，但是有一个简单的替代方案/通用解决方案，您不必在数据框中指定嵌套的元素

刚从复制了以下位以获取嵌套数据。frame

dd

：

Month=data.frame(Dates= as.Date("2003-02-01") + 1:15,
                 Month=gl(12,2,15))
dd <- data.frame(Age=1:15)
dd$Month <- Month

ddf

现在是一个没有嵌套的data.frame。但是，它的列名仍然反映嵌套结构：

names(ddf)
[1] "Age"         "Month.Dates" "Month.Month"

如果您想更改此设置（例如，在本例中，在

日期之前写入
似乎是多余的。
），您可以使用
gsub
，以及我从Sacha Epskamp复制来删除
之前列名中的所有文本

names(ddf) <- gsub(".*\\.","",names(ddf))  
names(ddf)
[1] "Age"   "Dates" "Month"

或者，您可以使用jsonlite包中的“展平”函数在导出之前展平数据帧。它实现了与前面提到的其他功能相同的结果，并且更易于实现

jsonlite:：展平

我想您会遇到错误，因为您的data.frame包含嵌套的data.frame names Month…@agstudy帮助文件说
write.table
可以处理嵌套的数据帧。我的猜测是有什么问题，错误消息中给出的
&&ncol（xj）
代码试图处理非矩阵，因此
ncolxj）
返回
NULL
，并且
R
讨厌逻辑运算中的“NULL”。无论如何，显而易见的攻击计划是在删除候选的“坏”元素后，尝试在
df
的一部分上写
table
，看看哪个元素是罪魁祸首。@CarlWitthoft您可以看到我的示例。是的--看起来
write.table
的文档不完整。它可以处理列表列，但不能处理嵌套列表。jsonlite:：Flatte非常适合展平嵌套数据帧。但是你提供的链接已经失效了。
Month=data.frame(Dates= as.Date("2003-02-01") + 1:15,
                 Month=gl(12,2,15))
dd <- data.frame(Age=1:15)
dd$Month <- Month

library(devtools)
source_gist(4205477) #loads the function

ddf <- LinearizeNestedList(dd, LinearizeDataFrames = TRUE) 
# ddf is now a list with two elements (Age and Month)

ddf <- LinearizeNestedList(ddf, LinearizeDataFrames = TRUE) 
# ddf is now a list with 3 elements (Age, `Month/Dates` and `Month/Month`)

ddf <- as.data.frame.list(ddf)
# transforms the flattened/linearized list into a data.frame

names(ddf)
[1] "Age"         "Month.Dates" "Month.Month"

names(ddf) <- gsub(".*\\.","",names(ddf))  
names(ddf)
[1] "Age"   "Dates" "Month"

write.table(ddf, file="test.txt")