在不中断for循环的情况下重新启动R会话

在for循环中，我需要移除RAM。因此，我使用

rm（）

命令删除了一些对象。然后，我做了gc（），但是RAM仍然是一样的

因此，我使用了

.rs.restartR（）

而不是

gc（）

，它可以工作：在R会话重新启动后，我的RAM的足够部分被移除

我的问题是for循环，它在R重新启动后被中断。在执行

.rs.restartR（）

命令后，您是否有办法自动执行for循环

有没有办法在.rs.restartR（）命令之后自动执行for循环

这是不可能的

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好的，你可以配置你的R系统来做这样的事情，但这听起来是个坏主意。我不确定您是想从头开始重新启动

for

循环，还是从停止的地方重新开始。（我也很困惑，在执行

for

循环时，您似乎能够在R控制台中输入命令。我想还有很多事情您没有告诉我们。）

您可以使用

rprofile.site

文件在R启动时自动运行命令。您可以将其设置为在R启动时自动运行for循环代码。但这似乎是个坏主意。我认为你应该为你的问题找到一种不同的解决方法

您可以做一些事情来帮助解决这种情况：让您的

for

将每次迭代的输出循环写入磁盘，并将某种日志写入磁盘，这样您就可以知道从哪里开始了。也许围绕for循环编写一个函数，该函数包含一个从何处开始的参数，这样您就可以在任何时候“跳入”

使用这种方法，而不是“重新启动R并自动拾取循环”，更好的选择是使用Rscript（或类似）并使用R或命令行在其自己的R会话中顺序运行每个迭代（或一批迭代）

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最好的解决方法是在不重新启动的情况下解决内存问题。关于内存管理，这里有几个问题——试一下答案，如果答案不起作用，做一个重复的例子，然后问一个新问题

我只是偶然发现了这篇文章，因为我遇到了与rm（）类似的问题，没有按预期清除内存。与您一样，如果我终止脚本，使用rm（list=ls（all.names=TRUE））删除所有内容并重新启动，那么脚本将比最初花费更长的时间。但是，使用.rs.restartR（）重新启动会话，然后再次进行寻源，效果与预期一样。正如您所说，在循环中无法“刷新”会话

我的解决方案是编写一个简单的bash脚本来调用我的.r文件

假设在R中有一个从1到3运行的循环，并且希望在每次迭代后重新启动会话。我的bash脚本“runR.sh”可以如下所示：

  #!/bin/bash        

    for i in {1..3}
    do
      echo "Rscript myRcode.r $i" #check call to r script is as expected
      Rscript myRcode.r $i
    done

然后在“myRcode.r”的顶部：

args <- commandArgs()
print(args) #list the command line arguments. 

myvar <- as.numeric(args[6])

---

args您可以在重新启动会话后通过寻源使脚本递归

确保脚本将考虑循环的初始状态。因此，在重新启动会话之前，您可能必须将循环的当前状态保存在.rds文件中。然后在重新启动会话后从循环内部调用.rds文件。这将帮助您在重新启动r会话之前启动循环

我刚刚发现这个命令“restartSession”。我使用它是因为我也遇到了内存消耗问题，因为垃圾收集器不会将RAM返回给操作系统（Linux）

通过将迭代保存为外部文件，并编写一个调用自身的rscript，可以从rstudio中的for循环中重新启动会话。此示例需要以下步骤

#Save an the iteration as a separate .RData file in the working directory. 

iter <- 1

save(iter, file="iter.RData")

#在工作目录中将迭代另存为单独的.RData文件。
iter一种独立于Rstudio的方法：
如果您想在Rstudio中运行此功能，请不要使用R控制台，而要使用终端，否则请使用
rstudioapi:：restartSession（）
与其他答案中的一样-不推荐（崩溃）-


创建迭代器并加载脚本（系统中的终端为：）


Script.R文件：

# read files and iterator
i<-readRDS("i.rds")
print(i)

# open process id of previous loop to kill it
tryCatch(pid <- readRDS(file="pid.rds"), error=function(e){NA} )

if (exists("pid")){
  library(tools)
  tools::pskill(pid, SIGKILL) 
}

# update objects and iterator
i <- i+1
# process
pid <- Sys.getpid() 

# save files and iterator
saveRDS(i, file="i.rds")
# process ID to close it in next loop
saveRDS(pid, file="pid.rds")

### restart session calling the script again
if(i <= 20 ) {
  print(paste("Processing of", i-1,"ended, restarting") )
  assign('.Last',  function() {system('Rscript Script.R')} )
  q(save = 'no')
} 

#读取文件和迭代器
这完全取决于
for
循环中的内容。如果您有一种“保存状态”的方法（即使是周期性的，也不一定是每个循环），那么您可以在重新启动时选择它停止的位置。这当然是手动重启（正如@Gregor所说，这不会发生），但至少你可以保留工作，你可以。正如您所建议的，它充其量是非传统的，更可能是脆弱的/混乱的。这对我来说很有效，只需添加一个小的内容，即需要修改bash脚本，使其可以通过
chmod 755 runR.sh
执行。此外，为了避免每次运行都重新启动R，我在'seq 1100 1000`
中将bash序列更改为step by 100，然后在R中运行循环100次。这会定期清除R中的内存，但避免了每次运行时重新加载库的开销。
###load iteration
library(rstudioapi)

load("iter.RData")

###insert function here.
time_now <- Sys.time()

###save output of function to a file.
save(time_now, file=paste0("time_", iter, ".Rdata"))

###update iteration
iter <- iter+1
save(iter, file="iter.RData")

###restart session calling the script again
if(iter < 5){
restartSession(command='source("test_script.R")')
}

R -e 'saveRDS(1,"i.rds"); source("Script.R")'

# read files and iterator
i<-readRDS("i.rds")
print(i)

# open process id of previous loop to kill it
tryCatch(pid <- readRDS(file="pid.rds"), error=function(e){NA} )

if (exists("pid")){
  library(tools)
  tools::pskill(pid, SIGKILL) 
}

# update objects and iterator
i <- i+1
# process
pid <- Sys.getpid() 

# save files and iterator
saveRDS(i, file="i.rds")
# process ID to close it in next loop
saveRDS(pid, file="pid.rds")

### restart session calling the script again
if(i <= 20 ) {
  print(paste("Processing of", i-1,"ended, restarting") )
  assign('.Last',  function() {system('Rscript Script.R')} )
  q(save = 'no')
}