R glmmTMB截断负二项族是否仍在开发中?
我在R包glmmTMB中实现了一些负二项障碍模型,并且遇到了一些关于截断负二项族的困惑 在研究该家族论点的来源时,我发现:R glmmTMB截断负二项族是否仍在开发中?,r,glm,mixed-models,glmmtmb,R,Glm,Mixed Models,Glmmtmb,我在R包glmmTMB中实现了一些负二项障碍模型,并且遇到了一些关于截断负二项族的困惑 在研究该家族论点的来源时,我发现: truncated_nbinom2 <- function(link="log") { r <- list(family="truncated_nbinom2", variance=function(mu,theta) { stop("variance
truncated_nbinom2 <- function(link="log") {
r <- list(family="truncated_nbinom2",
variance=function(mu,theta) {
stop("variance for truncated nbinom2 family not yet implemented")
})
return(make_family(r,link))
}
truncated_nbinom2在大多数情况下,truncated_nbinom2
系列应该可以正常工作。查看glmmTMB源代码(grep“\$variance”R/*.R
),仅使用系列
对象的$variance
组件:
- 皮尔逊残差的计算
- 在创建要由
效果
包使用的对象时
如果您使用的下游包需要使用对象的预期方差来计算某些内容,那么您可能会在管道中的其他地方遇到麻烦。但其他一切都应该很好
PS我找到了这个差异的表达式,并创建了一个问题来提醒我们实施它:
PPS这是现在的开发版本(不幸的是,我很确定我找到的论文只涵盖了截断的NB2,因此截断的NB1可能需要等待一段时间。然而,答案仍然适用-缺少方差函数只会在少数情况下造成麻烦,并且永远不会造成微妙的麻烦…)非常感谢本。感谢本的PPS。实际上,我想知道这是否导致了下游预测和自举置信区间的一些错误。我使用截断的_nbinom2(大多数观察结果1),得到了一些具有极低μ和φ的协变量类的奇数估计。预测的总体水平平均值即将出来,我应该注意,在检查这些预测时,我确实考虑了链接函数(即,我们得到的是负估计),我认为这个方差函数永远不会用于预测或引导间隔。。。请随时询问r-sig-mixed-models@r-org
或glmmTMB问题(可能需要一个可复制的示例以取得任何进展…)