如何将点图（seqinr）函数应用于包含蛋白质序列的载体中的每个可能的成对组合

我是个新手，非常感谢你的帮助。 我想将点图（seqinr）函数应用于包含3个蛋白质序列的载体中两个蛋白质序列的每个组合。这意味着我最终要得到3个点图。 我尝试使用for循环：

#this is the vector containing 3 protein sequences. I turned each sequence to string to get 3 character vector:                      
seqs<-c(c2s(lepraeseq),c2s(ulceransseq),c2s(protseq))

#the loop:
for(i in 1:(length(seqs)-1)){
for(j in (i+1):length(seqs)){
print(dotPlot(as.character(i),as.character(j)))}}

#the outcome:
NULL
NULL
NULL

#这是包含3个蛋白质序列的载体。我将每个序列转换为字符串，得到3个字符向量：
seqs我无法访问lepraeseq、Luceranseq等中的数据，但这应该是可行的。您需要使用
combn
创建包含所有可能组合的索引对象

使用此索引，然后可以在循环中生成绘图。我看到你在窗户上。我添加了一行以在驱动器上保存绘图

library(seqinr)
seqs<-c("lepraeseq","ulceransseq","protseq")

comb <-combn(length(seqs),2) #get all possible pairwise combinations

for (i in 1:ncol(comb)){
dotPlot(s2c(seqs[comb[1,i]]),s2c(seqs[comb[2,i]]),
 xlab=seqs[comb[1,i]],ylab=seqs[comb[2,i]])
savePlot(filename = paste0("c:/temp/",paste0(seqs[comb[1,i]],"-",seqs[comb[2,i]]),".png"), 
 type ="png")
}

库（seqinr）
seqs我无法访问lepraeseq、Luceranseq等中的数据，但这应该是可行的。您需要使用
combn
创建包含所有可能组合的索引对象

使用此索引，然后可以在循环中生成绘图。我看到你在窗户上。我添加了一行以在驱动器上保存绘图

library(seqinr)
seqs<-c("lepraeseq","ulceransseq","protseq")

comb <-combn(length(seqs),2) #get all possible pairwise combinations

for (i in 1:ncol(comb)){
dotPlot(s2c(seqs[comb[1,i]]),s2c(seqs[comb[2,i]]),
 xlab=seqs[comb[1,i]],ylab=seqs[comb[2,i]])
savePlot(filename = paste0("c:/temp/",paste0(seqs[comb[1,i]],"-",seqs[comb[2,i]]),".png"), 
 type ="png")
}

库（seqinr）
Seqsy您的问题不可复制[链接]（）。我们看不到seqs中的数据。另外，请指定从哪个包获得
dotPlot
thank's响应。我在标题中写道，dotPlot函数来自sekinr包。数据是我从uniprot以fasta格式下载的3个蛋白质序列。每个序列都是一个字符向量：“library”（“sekinr”）leprae您的问题是不可复制的[link]（）。我们看不到seqs中的数据。另外，请指定从哪个包获得
dotPlot
thank's响应。我在标题中写道，dotPlot函数来自sekinr包。数据是我从uniprot以fasta格式下载的3个蛋白质序列。每个序列都是一个字符向量：“library（“seqinr”）麻风谢谢，它起作用了，但我对轴的名称仍然有问题：
xlab=sequence[comb[1，i]]，ylab=sequence[comb[2，i]
]`这个脚本没有给出蛋白质名称，而是给出了蛋白质序列。我尝试用两列创建数据帧：seq_name和sequence，并以这种方式在上面的脚本中使用它：`comb combn（length（df$sequence），2）for（I in 1:ncol（comb））{dotPlot（s2c（df$sequence[comb[1，I]]），s2c（df sequence[comb[2，I]]，xlab=df$seq_name[comb[1，I]]，ylab=df$seq_name[comb[2，I]}`但它不起作用。我成功地得到了名称：
combSeq谢谢，它起作用了，但我对轴的名称仍然有问题：
xlab=sequence[comb[1，i]]，ylab=sequence[comb[2，i]
]`这个脚本没有给出蛋白质名称，而是给出了蛋白质序列。我尝试用两列创建数据帧：seq_name和sequence，并以这种方式在上面的脚本中使用它：`comb combn（length（df$sequence），2）for（I in 1:ncol（comb））{dotPlot（s2c（df$sequence[comb[1，I]]），s2c（df sequence[comb[2，I]]，xlab=df$seq_name[comb[1，I]]，ylab=df$seq_name[comb[2，I]}“但是它不起作用。我成功地得到了名字：
combSeq