R doMPI与簇

我有了第一次使用R和集群的经验。在谷歌上搜索，我发现了“doMPI”软件包。这个包允许我自动创建进程。然而，我对函数有点困惑

1-startMPIcluster和registerDOMPI之间有什么区别

2-StartMPCluster上传递的争论是什么

3-当我使用命令

mpirun-hn1，n2，n3-n1r--slave-fsincmpi.R

，它是什么意思

-n1

最后，假设我有4个集群，每个集群有60个CPU。我的代码是什么样子的？

你读了吗？我试着用它来回答所有这些问题。我还建议您下载doMPI源代码发行版，并查看其中包含的示例脚本

关于你的问题：

startMPIcluster

用于创建表示用于并行计算的一组进程的集群对象

registerDoMPI

用于向foreach注册集群对象，以便用于执行并行foreach循环。这两种功能都必须使用

如果使用

-n1

选项通过mpirun执行R脚本，mpirun将只启动一个进程来执行R脚本（我称之为主进程），

startMPIcluster

的第一个参数指定了主节点为执行foreach循环生成的任务而应启动的工作线程数。如果使用mpirun启动多个进程，则根本不需要指定

count

值。我建议使用mpirun来启动所有工作进程（在您的示例中使用

-n3

），并且不要为

计数指定值

mpirun

-n

选项指定应启动的工作进程/进程数。如果要生成工作进程，应使用

-n1

，以便mpirun仅启动主进程，并使用

startMPIcluster

count

参数控制要生成的工作进程数

---

我真的不理解你的最后一个问题，但我认为这些小插曲和示例应该有助于你更好地理解所有这些概念。

如果你以前从未使用过集群，MPI可能会有点难以理解。考虑使用并行包（用R来代替）。它的效率不如MPI，但使用起来要简单得多。@HongOoi parallel很容易在单个节点上使用，但如果您想在集群上使用多个节点，尤其是在批处理排队系统的上下文中，就不那么容易了。在这种情况下，MPI是并行运行的标准方式。在单个节点上开始比较容易，但是集群的真正好处是使用多个节点。