有没有一种方法可以使用CAPdiscrim(生物多样性)预测一组新样本?
我对两种神秘鱼类(Sp.A和Sp.B)的形态测量数据进行了CAP分析,试图看看是否可以利用这些数据预测这些物种 为了本研究的目的,在适合模型之前,使用DNA对鱼类样本的物种进行鉴定 我的代码是有没有一种方法可以使用CAPdiscrim(生物多样性)预测一组新样本?,r,multivariate-testing,R,Multivariate Testing,我对两种神秘鱼类(Sp.A和Sp.B)的形态测量数据进行了CAP分析,试图看看是否可以利用这些数据预测这些物种 为了本研究的目的,在适合模型之前,使用DNA对鱼类样本的物种进行鉴定 我的代码是 CAP=CAPdiscrim(dat ~ species, data=sample.info, dist='euclidean', m=4)] CAP$percent [1] 98.80952 遗漏一项分配成功率>98%,这太棒了 现在我有了一些新的未知物种的鱼(Sp.a或Sp.B),我想要这个CAP
CAP=CAPdiscrim(dat ~ species, data=sample.info, dist='euclidean', m=4)]
CAP$percent
[1] 98.80952
遗漏一项分配成功率>98%,这太棒了
现在我有了一些新的未知物种的鱼(Sp.a或Sp.B),我想要这个CAP模型来预测物种
谁能告诉我怎么做
我已经为glm和SDM使用了predict.glm()
和raster::predict()
函数,但是对于由CAPdiscrim生成的CAP,我找不到这样的直接函数。我查看了CAPdiscrim
和MASS::lda
(在CAPdiscrim内部使用)的代码,但没有弄清楚
我熟悉PRIMER软件,它可以做我想做的事情。
但我想改为R,原因有几个(即R是免费的,所以每个人都可以使用我的代码作为这两个物种的物种识别工具,用于渔业调查等)
提前谢谢你