Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/71.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

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非二元分类变量R的多变量cox回归分析_R_Cox - Fatal编程技术网

非二元分类变量R的多变量cox回归分析

非二元分类变量R的多变量cox回归分析,r,cox,R,Cox,我对包括非二元分类变量的多变量cox回归分析有疑问。 我的数据由几个变量组成,其中一些是二进制的(比如性别、70岁以上的年龄等等) 而其余的则不是(例如,ECOG) 我尝试了分析_多元函数和coxph函数,但似乎我只能得到非分类变量的总体风险比,但我想知道变量的总体风险比和变量子类别的个体风险比(如ECOG 0、ECOG 1、ECOG 2和整个ECOG的危险比) 我在这个过程中尝试的是这样的: Hazard Ratios: factor.id factor.name factor.va

我对包括非二元分类变量的多变量cox回归分析有疑问。 我的数据由几个变量组成,其中一些是二进制的(比如性别、70岁以上的年龄等等) 而其余的则不是(例如,ECOG)

我尝试了分析_多元函数和coxph函数,但似乎我只能得到非分类变量的总体风险比,但我想知道变量的总体风险比和变量子类别的个体风险比(如ECOG 0、ECOG 1、ECOG 2和整个ECOG的危险比)

我在这个过程中尝试的是这样的:

Hazard Ratios:
factor.id      factor.name factor.value    HR Lower_CI Upper_CI Inv_HR Inv_Lower_CI Inv_Upper_CI
df$age70         df$age70 <continuous>  1.07     0.82     1.41   0.93         0.71         1.22
ECOG:4 ECOG            4  1.13     0.16     8.19   0.89         0.12         6.43
df$sex           df$sex <continuous>    1.87     0.96     3.66   0.53         0.27         1.04
ECOG:1 ECOG            1  2.14     1.63     2.81   0.47         0.36         0.61
ECOG:3 ECOG            3 12.12     7.83    18.76   0.08         0.05         0.13
ECOG:2 ECOG            2 13.72     4.92    38.26   0.07         0.03          0.2
(一)

结果是这样的:

Hazard Ratios:
factor.id      factor.name factor.value    HR Lower_CI Upper_CI Inv_HR Inv_Lower_CI Inv_Upper_CI
df$age70         df$age70 <continuous>  1.07     0.82     1.41   0.93         0.71         1.22
ECOG:4 ECOG            4  1.13     0.16     8.19   0.89         0.12         6.43
df$sex           df$sex <continuous>    1.87     0.96     3.66   0.53         0.27         1.04
ECOG:1 ECOG            1  2.14     1.63     2.81   0.47         0.36         0.61
ECOG:3 ECOG            3 12.12     7.83    18.76   0.08         0.05         0.13
ECOG:2 ECOG            2 13.72     4.92    38.26   0.07         0.03          0.2
结果是:


Hazard Ratios:
factor.id   factor.name factor.value   HR Lower_CI Upper_CI Inv_HR Inv_Lower_CI Inv_Upper_CI
df$age70   df$age70 <continuous> 0.89     0.68     1.16   1.13         0.86         1.47
df$sex     df$sex <continuous> 1.87     0.96     3.65   0.53         0.27         1.04
df$ECOG    df$ECOG <continuous>  1.9     1.69     2.15   0.53         0.47         0.59

我相信有更好的解决方案,但找不到

任何意见将不胜感激! 提前谢谢。

简短的回答是否定的。在(2)中,这是一个连续的回答,意味着你期望生存的对数优势比与ECOG呈线性关系,而在(1)中,你期望每个水平(1到4)对生存有不同的影响。要测试可变的ECOG集合,你可以进行方差分析:

library(survivalAnalysis)
data = survival::lung
data$ECOG = factor(data$ph.ecog)
data$sex = factor(data$sex)

fit1 = data %>%
  analyse_multivariate(vars(time, status),
                       covariates = vars(age, sex, ECOG, wt.loss))

anova(fit1$coxph)
Analysis of Deviance Table
 Cox model: response is Surv(time, status)
Terms added sequentially (first to last)

         loglik   Chisq Df Pr(>|Chi|)   
NULL    -675.02                         
age     -672.36  5.3325  1   0.020931 * 
sex     -667.82  9.0851  1   0.002577 **
ECOG    -660.26 15.1127  3   0.001723 **
wt.loss -659.31  1.9036  1   0.167680   
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

我同意愚蠢的观点。测试ECOG整体没有什么意义,因为这个变量不是一个连续的变量。处理整体效应意味着你假设它充其量是一个有序变量,值之间的差异相等,这超出了理性的界限。没有一个头脑正常的肿瘤学家会同意这个假设。愚蠢二lf和Edward,谢谢你的评论!正如Edward指出的,我的原始变量没有像上面的例子那样包括ECOG,但我修改了变量的名称只是为了这个问题-但似乎我只是让你感到困惑。我非常同意你的评论!谢谢。嗨。你能找到解决方法吗?请回答你的问题问题。
                  p-value   0.01
ECOG 1   Reference  
ECOG 2   13.72 (4.92-38.26) 
ECOG 3   12.12 (7.83-18.76) 
ECOG 4   1.13 (0.16-8.19)   
library(survivalAnalysis)
data = survival::lung
data$ECOG = factor(data$ph.ecog)
data$sex = factor(data$sex)

fit1 = data %>%
  analyse_multivariate(vars(time, status),
                       covariates = vars(age, sex, ECOG, wt.loss))

anova(fit1$coxph)
Analysis of Deviance Table
 Cox model: response is Surv(time, status)
Terms added sequentially (first to last)

         loglik   Chisq Df Pr(>|Chi|)   
NULL    -675.02                         
age     -672.36  5.3325  1   0.020931 * 
sex     -667.82  9.0851  1   0.002577 **
ECOG    -660.26 15.1127  3   0.001723 **
wt.loss -659.31  1.9036  1   0.167680   
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1