在R中将FASTQ ASCII转换为十进制和十六进制

我有一个FASTQ质量分数，它以一系列ASCII字符表示。在这种情况下（很可能）ASCII字符64到126表示0到62的a分数（假定它是Illumina）。这就产生了下面的顺序：

feffefdfffcfdetdaddyddffbbfci``S_KKX\]]D_TY[VTVXQ]`Q_bbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbb

如何提取ASCII字符的数量

多谢各位 桑

编辑：

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该序列表示由碱基组成的生物序列的质量（来自核酸中的碱基对，意思是字符（ATGC））。碱基质量是等于-10 log10 Pr{碱基错误}的短语缩放碱基错误概率.

好吧，正如马雷克所说：您可能会找到一个函数来转换Bioconductor中的Illumina质量分数。您可以访问

使用基本函数，可以使用

charToRaw（）

：

>x图表视图（x）
[1] 66 65 66 66 64 62 65 66 63 60 5c 4b 4b 58 5d 5f 42 42
>as.数字（图表箭头（x））
[1] 102 101 101 102 102 100  98 101 102  99  96  92  75  75  88  93  95  66  66  66  66
>as.字符（charToRaw（x））
[1] “66”“65”“65”“66”“66”“64”“62”“65”“66”“63”“60”“5c”“4b”“4b”“58”“5d”“5f”“42”“42”

---

请注意，您必须避开反斜杠，否则您会遇到麻烦。这取决于您如何读取数据等等。

好吧，正如马瑞克所说：您可能会找到一个函数来转换Bioconductor中的Illumina质量分数。您可以访问

使用基本函数，可以使用

charToRaw（）

：

>x图表视图（x）
[1] 66 65 66 66 64 62 65 66 63 60 5c 4b 4b 58 5d 5f 42 42
>as.数字（图表箭头（x））
[1] 102 101 101 102 102 100  98 101 102  99  96  92  75  75  88  93  95  66  66  66  66
>as.字符（charToRaw（x））
[1] “66”“65”“65”“66”“66”“64”“62”“65”“66”“63”“60”“5c”“4b”“4b”“58”“5d”“5f”“42”“42”

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请注意，您必须避开反斜杠，否则您会遇到麻烦。这取决于您如何读取数据等等。

ASCII分数是什么意思？需要更多信息-所有这些字母是什么？您真的认为这对任何人都有意义吗？再试一次。请稍候，我重新启动水晶球。看起来像我。如果是的话然后尝试搜索。我不知道你们是谁，但我看到的都是金发和黑发！你说的ASCII分数是什么意思？需要更多信息-这些字母是什么？你真的认为这对任何人都有意义吗？再试一次。请稍候，我重新启动水晶球。看起来像我。如果是，请尝试搜索。我不知道你们这些家伙，但我看到的都是金发和黑发！围绕主题：如何用两个反斜杠替换反斜杠？我尝试了sub（“\\”，“/”，str），但出现了错误。围绕主题：如何用两个反斜杠替换反斜杠？我尝试了sub（“\\”，“/”，str），但出现了错误。

> x <- "feeffdbefc`\\KKX]_BBBB"
> charToRaw(x)
 [1] 66 65 65 66 66 64 62 65 66 63 60 5c 4b 4b 58 5d 5f 42 42 42 42
> as.numeric(charToRaw(x))
 [1] 102 101 101 102 102 100  98 101 102  99  96  92  75  75  88  93  95  66  66  66  66
> as.character(charToRaw(x))
 [1] "66" "65" "65" "66" "66" "64" "62" "65" "66" "63" "60" "5c" "4b" "4b" "58" "5d" "5f" "42" "42" "42" "42"