在R中使用org.At.tair.db包进行注释
Iam在linux操作系统中使用R版本2.15。我有一个由基因ID及其特定信号强度值组成的矩阵,如下所示(整个矩阵的子集): 我只想摘录第一列如下: ids您能否在R中使用org.At.tair.db包进行注释,r,R,Iam在linux操作系统中使用R版本2.15。我有一个由基因ID及其特定信号强度值组成的矩阵,如下所示(整个矩阵的子集): 我只想摘录第一列如下: ids您能否dput(head(xx)和dput(head(yy)让我们了解您正在合并的数据的外观? probes GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192 244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.
dput(head(xx)
和dput(head(yy)
让我们了解您正在合并的数据的外观?
probes GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192
244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903 5.412329253 5.352970877 5.06250609 5.305709079 8.365082403
244904 5.529220594 5.28134657 5.467445095 5.62968933 5.458388909
244905 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836
biocLite("GO.db")
library("AnnotationDbi")
biocLite("org.At.tair.db")
biocLite("ath1121501.db").
genenames <- org.At.tairGENENAME[ids] #map the probe ids to the gene names in TAIR
The output of which is AnnDbBiMap[1]
number<-org.At.tairENTREZID[ids] #map the probe ids to the gene ids in TAIR
The output of which is AnnDbBiMap[1]
And then I try to merge both the lists as :
xx<-toTable(entrez)
yy<-toTable(number)
complete<-merge(xx,yy)
Error in fix.by(by.y.y): 'by' must specify uniquely valid column(s)