R 如何在条形图中绘制表格摘要
我有一个单核苷酸多态性表和相应基因的信息:基因ID、基因类型和基因名称:R 如何在条形图中绘制表格摘要,r,graph,bar-chart,R,Graph,Bar Chart,我有一个单核苷酸多态性表和相应基因的信息:基因ID、基因类型和基因名称: SNP Gene ID Gene type Gene Name 1 rs10876864 ENSG00000123411.10 protein_coding IKZF4 2 rs10876864 ENSG00000123411.10 protein_coding IKZF4 3 rs1087
SNP Gene ID Gene type Gene Name
1 rs10876864 ENSG00000123411.10 protein_coding IKZF4
2 rs10876864 ENSG00000123411.10 protein_coding IKZF4
3 rs10876864 ENSG00000123411.10 protein_coding IKZF4
4 rs10876864 ENSG00000123411.10 protein_coding IKZF4
5 CNVR2845.57 ENSG00000196126.6 protein_coding HLA-DRB1
6 CNVR2845.57 ENSG00000196126.6 protein_coding HLA-DRB1
7 CNVR2845.57 ENSG00000196126.6 protein_coding HLA-DRB1
8 CNVR2845.57 ENSG00000196126.6 protein_coding HLA-DRB1
9 rs6030897 ENSG00000201372.1 snRNA U6
10 rs6030897 ENSG00000201372.1 snRNA U6
11 rs6030897 ENSG00000201372.1 snRNA U6
我想画一个SNPs总数的条形图,看看有多少SNPs是蛋白质编码或snRNA等
这是我目前的代码:
barplot(as.matrix(data1), main="SNP", xlab="Gene type", ylab= "Total SNP", names.arg=c("protein_coding","snRNA","pseudogene","antisense","lincRNA",""), border="blue", density=c(10, 20, 30, 40, 50))
但我得到了一个错误,说:
Error in barplot.default(as.matrix(data1), main = "SNP", xlab = "Gene type", : incorrect number of names
In addition: Warning messages:
1: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
2: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
3: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
4: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
名称。arg
?条形图
,称为高度的条形图的第一项应为:
高度
描述构成绘图的条形图的向量或值矩阵。如果高度是一个向量,则绘图由一系列矩形条组成,其高度由向量中的值给出。如果“高度”是一个矩阵,且“旁边”为FALSE,则绘图的每个栏对应一列高度,,列中的值给出
构成钢筋的堆叠子钢筋的高度。如果高度是一个矩阵,旁边是真的,
然后将每列中的值并置,而不是堆叠
barplot(表(df$Gene_type,df$SNP))
但我建议大家看看其他更好的方法,当然还有ggplot2
包,它可以自动完成这项工作