与在RStudio中使用saveRDS相关的时间问题

在执行循环之前调用saverd会导致循环计时不一致。这只有在使用RStudio时才明显；使用Rscript从命令行运行同一脚本时，不存在此问题。这可能是RStudio中I/O刷新延迟的结果

• 其他人注意到这种行为了吗
• 有没有办法在saveRDS调用后强制I/O刷新

在Ubuntu 18.04LTS 64位上使用RStudio 1.1.463、R3.5.2

我通过在代码执行之前调用gc（）并使用gcinfo启用gc消息来确保没有触发gc，从而消除了垃圾收集器的问题。我还尝试用cmpfun预编译函数；这也于事无补

以下代码可用于重现该问题

loop.test <- function() {
  t <- c()
  t0 <- Sys.time()
  for (i in 1:10) {
    t <- c(t, Sys.time() - t0)
    Sys.sleep(0.01)
  }

  dt <- round(1000 * diff(t), 1)
  print(dt)
  print(summary(dt))
}

saveRDS(1:10, 'garb.rds')

loop.test()

请注意，大延迟并不总是出现在同一次迭代中

删除代码中的saveRDS调用将始终产生一致（接近10毫秒）的循环计时

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通过Rscript从命令行运行代码可以使用saveRDS行，也可以不使用saveRDS行。

以下是RStudio的同事们的回应：

一种可能性是：RStudio在R“空闲”期间（即：当R调用R_ProcessEvents时）做一些后台工作，我认为项目文件索引就是其中之一。RStudio为这些任务注册文件监视器，因此创建文件可能会导致RStudio在幕后执行一些重新索引的工作

我验证了将saveRDS（）调用中的save目录更改为项目目录之外会消除计时问题。所以我认为这支持了文件索引理论。rstudiov1.2预览版在较小程度上展示了这种行为，因此空闲处理实现中可能发生了一些变化，但我没有关于这方面的进一步信息。RStudio的人打开了一个bug报告来解决这个问题，所以希望很快就能得到修复

因此，目前的一些解决办法是：

在调用saveRDS（）后，以足够的延迟调用Sys.sleep（），以允许执行重新索引操作

将saveRDS（）指向当前项目目录之外的文件，以防止重新编制索引

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以下是RStudio的同事们的回应：

一种可能性是：RStudio在R“空闲”期间（即：当R调用R_ProcessEvents时）做一些后台工作，我认为项目文件索引就是其中之一。RStudio为这些任务注册文件监视器，因此创建文件可能会导致RStudio在幕后执行一些重新索引的工作

我验证了将saveRDS（）调用中的save目录更改为项目目录之外会消除计时问题。所以我认为这支持了文件索引理论。rstudiov1.2预览版在较小程度上展示了这种行为，因此空闲处理实现中可能发生了一些变化，但我没有关于这方面的进一步信息。RStudio的人打开了一个bug报告来解决这个问题，所以希望很快就能得到修复

因此，目前的一些解决办法是：

在调用saveRDS（）后，以足够的延迟调用Sys.sleep（），以允许执行重新索引操作

将saveRDS（）指向当前项目目录之外的文件，以防止重新编制索引

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今天已尝试RStudio v1.2预览版。这个问题也存在，但程度要小得多。由于saveRDS的存在，迭代时间不是约275ms，而是约24ms。就此向RStudio提交了一份通知单。今天已尝试RStudio v1.2预览版。这个问题也存在，但程度要小得多。由于saveRDS的存在，迭代时间不是约275ms，而是约24ms。就此事向RStudio提交了一份通知单。

[1]  10.1  10.1  10.2  10.2 275.4  10.2  10.1  10.2  10.2

   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
  10.10   10.10   10.20   39.63   10.20  275.40