为linux（Ubuntu for Windows）安装biomaRt软件包（R版本3.5.2）

我正在尝试安装Biomart软件包，我使用了以下代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

我得到这个警告信息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

有人帮忙吗？

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谢谢。

这里的问题是R需要编译其他R包：

curl

，

openssl

，

XML

，

RCurl

。为此，需要在Linux平台上安装一些开发库

您经常可以猜测它们可能被称为什么：如果R包“XXX”是一个问题，那么您需要

apt-cache-search

查找类似

libXXX-dev

的内容。这个名字通常也包含一个数字。因此，您可以尝试，例如，从命令行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

搜索

libcurl

开发包

然后您可以安装它们，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

作为最低要求，我认为您需要：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次尝试安装R包。请注意任何错误消息，根据需要安装更多库，重复此操作，直到其正常工作

带有适当术语的Web搜索应找到有关安装所需系统依赖项的更多信息