R 来自gam的ggplot置信带预测$fit和预测$se.fit

我有以下变量：

prod

：正整数

任期

：正数值

队列

：因子

下面是一些具有这些规格的模拟数据

set.seed(123)
my_data <- data.frame(prod   = rnbinom(10000, mu = 2.5, size = 1.5),
                      tenure = rexp(10000),
                      cohort = factor(sample(2011:2014, size = 10000, replace = TRUE,
                                             prob = c(0.17, 0.49, 0.26, 0.08))))

获取预测及其标准误差：

preds   <- predict(mod, se.fit = TRUE)
my_data <- data.frame(my_data,
                      mu   = exp(preds$fit),
                      low  = exp(preds$fit - 1.96 * preds$se.fit),
                      high = exp(preds$fit + 1.96 * preds$se.fit))

但我希望能从GAM中消除信心带。如何添加这些内容

不是答案

移除

fill=NA

。不。这些置信区间将是无限小的，因为在一个队列中，任期预测是完全相同的

添加对geom_ribbon（aes（x=任期，ymin=低，ymax=高））的调用。。不。这给了我一个超级摇摆，不平滑的信心带

使用

软件包：ggvis

！请不要使用

package:ggvis

答案，除非在

ggplot2

中没有办法这样做。我当前的绘图框架是

ggplot2

，我现在坚持使用它，除非我必须切换才能进行此绘图

这对我有用

require(ggplot2)
require(mgcv)

set.seed(123)
my_data <- data.frame(prod   = rnbinom(10000, mu = 2.5, size = 1.5),
                      tenure = rexp(10000),
                      cohort = factor(sample(2011:2014, size = 10000, replace = TRUE,
                                             prob = c(0.17, 0.49, 0.26, 0.08))))
mod <- gam(prod ~ s(tenure, by = cohort) + cohort, data = my_data, family = nb())
preds   <- predict(mod, se.fit = TRUE)
my_data <- data.frame(my_data,
                      mu   = exp(preds$fit),
                      low  = exp(preds$fit - 1.96 * preds$se.fit),
                      high = exp(preds$fit + 1.96 * preds$se.fit))

ggplot(my_data, aes(x = tenure, y = prod, color = cohort)) +
  geom_point() + 
  geom_smooth(aes(ymin = low, ymax = high, y = mu), stat = "identity")

require（ggplot2）
要求（mgcv）
种子集（123）
my_数据（如果需要工作代码，则应提供数据。）
geom_平滑应能工作，如中所示。旁注，为什么在ggplot2调用中使用
%%>%%
？我希望那里会有加分。谢谢。正如您所看到的，我确实包含了一个
+
操作符。我使用
%%>%%
，这样我就可以在不同的行上将绘图元素用管道连接在一起。我想这就是
ggvis
所做的（是的，有一天我会切换到
ggvis
。@RomanLuštrik，将其格式化为一个答案，我会从中检查出永恒的爱的堆栈溢出。@BondedDust，这是你的数据，但在这种情况下似乎没有必要。我认为这不起作用。我得到“警告：忽略未知美学：ymin，ymax”。这些标注栏可能是ggplot2计算的新值。可能版本不同？Me，ggplot2_2.2.1和mgcv_1.8-24。尽管有警告，您计算的值仍在使用，这是事实。我们要删除这些对话吗？我使用的是ggplot2_2.2.1.9000和mgcv_1.8-23。当然，我会在几个小时后删除此评论。
library(magrittr)
library(ggplot2)
library(splines)
my_plot <-
  ggplot(my_data, aes(x = tenure, y = mu, color = cohort)) %>%
  + geom_smooth(method  = "glm",
                formula = y ~ ns(x, 3),
                family  = "quasipoisson",
                fill    = NA)

require(ggplot2)
require(mgcv)

set.seed(123)
my_data <- data.frame(prod   = rnbinom(10000, mu = 2.5, size = 1.5),
                      tenure = rexp(10000),
                      cohort = factor(sample(2011:2014, size = 10000, replace = TRUE,
                                             prob = c(0.17, 0.49, 0.26, 0.08))))
mod <- gam(prod ~ s(tenure, by = cohort) + cohort, data = my_data, family = nb())
preds   <- predict(mod, se.fit = TRUE)
my_data <- data.frame(my_data,
                      mu   = exp(preds$fit),
                      low  = exp(preds$fit - 1.96 * preds$se.fit),
                      high = exp(preds$fit + 1.96 * preds$se.fit))

ggplot(my_data, aes(x = tenure, y = prod, color = cohort)) +
  geom_point() + 
  geom_smooth(aes(ymin = low, ymax = high, y = mu), stat = "identity")