在R包中调用lmFit（limma）时出错

我在一个新的私人R软件包中加入了对

lmFit

的调用。但是当调用包含对

lmFit

的调用的方法时，我得到了一个错误：

Error in getEAWP(object) : could not find function "exprs" 

实施的结构如下：

setMethod(
  f = "genexp",
  signature = "clusterContainer",
  definition = function(object, expSet, fdr.cutoff = 0.05) {

    design <- model.matrix(groups, data = Biobase::pData(expSet))
    fit <- limma::lmFit(expSet, design)
    fit <- limma::eBayes(fit)
    # [...]
  }
)

以及

命名空间

：

exportPattern("^[^\\.]")
importFrom(Biobase, AnnotatedDataFrame)
importFrom(Biobase, exprs)

我需要做什么才能调用

lmFit

（和其他人），让他们使用第三个软件包的功能

更新1：我添加了回溯：

> genexp(c, expression)
 Error in getEAWP(object) : could not find function "exprs" 
5 getEAWP(object) 
4 limma::lmFit(expSet, design) at clusterContainer-genexp.R#18
3 .local(object, ...) 
2 genexp(c, expression) at 1_AllGenerics.R#50
1 genexp(c, expression) 

---

更新2：函数

getEAWP

来自

limma

。函数

exprs

来自

Biobase
解决方案可以是将
Biobase
添加到
dependens
部分的
DESCRIPTION
文件中。但是我认为这不是正确的解决方案。是
getEAWP
在limma包中还是其他地方？（您可以尝试
limma:：：expers
查看它是否在该包中。）我猜它在另一个包中，并且它在函数
limma:：lmFit
中不合格（例如
otherPackage:：expers
）。也许将
otherPackage
添加到
DESCRIPTION
文件的dependens部分并调用库（“otherPackage”）将解决此问题。感谢@Jthorpe的评论，我更新了问题，试图澄清情况
exprs
来自
Biobase
，我把它放在
Imports
部分（在
DESCRIPTION
文件中）。我找到的唯一解决方案是将
Bioase
移动到
dependens
，但我仍然认为这不是一个好的解决方案。好吧，看起来你的软件包确实依赖于
Biobase
，那么为什么不
dependens
？如果您显式地将
require（Biobase）
添加到代码中，它是否运行？@CarlWitthoft，在方法中添加
require（Biobase）
会使它运行。因此，对于这一点，我是否应该将
Biobase
包含在
dependens
中？
> genexp(c, expression)
 Error in getEAWP(object) : could not find function "exprs" 
5 getEAWP(object) 
4 limma::lmFit(expSet, design) at clusterContainer-genexp.R#18
3 .local(object, ...) 
2 genexp(c, expression) at 1_AllGenerics.R#50
1 genexp(c, expression)