R 素食包装中capscale功能的替代示例

R 素食包装中capscale功能的替代示例,r,statistics,vegan,multivariate-testing,R,Statistics,Vegan,Multivariate Testing,我一直在学习PRIMER中的多元分析,但现在我想使用纯素软件包转换为R。我希望在素食者中使用capscale函数,但不确定我的数据应该如何预先格式化。 在vignette中的示例中,dataframes varspec和varechem都只有数字值,但我有一个数据帧包含依赖的数字值,另一个包含独立的因子值。因此,我要求的是一个替代的工作示例,我可能能够效仿。我在网上找不到任何东西。 iris数据集应提供足够的玩具数据。谢谢您使用的vignette源代码已经严重过时:我必须将其从Web上删除。?c

我一直在学习PRIMER中的多元分析,但现在我想使用纯素软件包转换为R。我希望在素食者中使用capscale函数,但不确定我的数据应该如何预先格式化。 在vignette中的示例中,dataframes varspec和varechem都只有数字值,但我有一个数据帧包含依赖的数字值,另一个包含独立的因子值。因此,我要求的是一个替代的工作示例,我可能能够效仿。我在网上找不到任何东西。
iris数据集应提供足够的玩具数据。谢谢

您使用的vignette源代码已经严重过时:我必须将其从Web上删除。?capscale的帮助页面应包含当前素食者安装中的更多最新文档。对于包含因子的独立数据,您应该能够使用任何其他约束排序帮助?rda的模型,该模型告诉您,通过公式接口,您可以在独立数据中包含因子,并且公式接口是capscale中唯一允许的接口


在素食主义者中,你应该从capscale切换到dbrda:capscale在将来可能会被弃用。

你好,Jari,对不起,我绝对不能让它工作。请说明如何使用iris数据集输入公式?我正在尝试像capscaleiris[1:4]~iris$species,data=iris非常感谢你capscaleiris[,1:4]~species,data=iris似乎有效。注意,对带有[,1:4]和大写首字母的列进行索引。使用您的示例可以为我返回以下内容:capscaleiris[,1:4]~Species,data=iris调用:capscaleformula=iris[,1:4]~Species,data=iris正则化参数:组的空先验概率:空错误分类率:明显:%Warning message:In is.nax$error.rate[1]:is.na应用于“NULL”类型的非列表或向量您必须使用除vegan::capscale之外的其他内容:它只是没有正则化参数,先前的可能性或诸如此类的。你用的是什么软件?哇!这么多的挫折都是徒劳的。我一个人装了素食套餐,效果很好。非常感谢你帮我解决这个问题!