使用adegenet R软件包为树中的不同簇提供不同的颜色

我正在使用R包

adegenet

绘制邻居加入树

在我的文件中，我有20000列和500行。行对应于个人。我的第一列是人口ID，第二列是个人ID。列包含值0、1和2。我可以用一种颜色绘制一棵树，但根据人口的不同，我希望每个簇都是不同的颜色

这就是我所做的，如果“dat”是我的数据文件，那么

D<-dist(as.matrix(dat))
tre<-nj(D)
plot(tre, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, edge.col="Blue")

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谢谢你的帮助

您的示例应该是可复制的，以便更容易帮助和再现您的问题。有关详细信息，请参阅此帖子。我正在尝试使用

iris

，它就像一个符咒。顺便说一句，我认为这里不需要

adegenet

，

plot

实际上是一个

plot.phylo

，它来自于包

ape

），所有其他函数都是内置的或来自

ape

）

文档（

？plot.phylo

）中说：

edge.col

模式特征向量，给出绘制系统发育分支所用的颜色。它们的顺序与phy的组件边缘相同。如果给出的颜色少于边的长度，则颜色被回收

ape

保留顺序或行，您可以使用

因子

为颜色向量编制索引，因此使用

iris

的可复制示例可以是：

library(ape)
D <-dist(as.matrix(iris[, 1:4]))
tree <- nj(D)
plot(tree, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, 
           edge.col=c("red","green","blue")[iris$Species])

库（ape）
D谢谢@Vincet！这就是我要找的。我想知道是否有办法有选择地按名称删除样本？一些样品正在毁坏这棵树。
library(ape)
D <-dist(as.matrix(iris[, 1:4]))
tree <- nj(D)
plot(tree, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, 
           edge.col=c("red","green","blue")[iris$Species])