R中的forceNetwork正在疯狂：未显示边

一个星期以来，我一直在尝试使用R中的networkD3包绘制一个网络。

simpleNetwork

函数正常工作，但它不允许对图形的外观进行太多控制。

forceNetwork

功能用于显示具有丰富视觉功能的图形

我所面临的问题与所讨论的几乎相同。我已经仔细阅读了包文档，并尝试了上面线程中提出的解决方案，但没有成功：我得到的只是一个没有边缘链接的节点云

这里是我的

data.frame

s：

edg

垂直

这会导致上面提到的没有边的节点云。如果我用实际的标签更改“Symbol”列，我会在节点上添加相同的标签（按照包的要求，遵循Links表的顺序）

请注意，该软件包举例说明了此函数的使用，如果打开使用的数据集（错误链接、错误节点），其内容与我的内容相同，只是节点的标签不同。运行完全相同的示例是可行的；使用我的数据运行不需要

以下是我用来绘制网络的函数：

forceNetwork( Links = edg, Nodes = vert, Source = "Gene1", Target = "Gene2", 
              Value = "Prob", NodeID = "Symbol", Group = "Chr", opacity = 0.7,
              colourScale = "d3.scale.category20b()", Nodesize = "Expr", zoom = T,
              legend = T )

---

所有其他属性都正确显示（节点大小、图例、颜色），但我始终看不到任何边。我的数据集中一定有错误，我无法找到。

我刚刚在自己的forceNetwork中修复了相同的问题。事实证明，我创建的（从iGraph导出的）边的数据帧具有

character

类型，而不是

int

类型。使用

as.numeric（）

强制转换边“from”和“to”列解决了问题，链接绘制正确

我希望这有帮助

关于,

---

Will

我也遇到了同样的问题（

simpleNetwork

工作正常，

forceNetwork

首先只显示节点，没有边缘，然后根本没有显示）

问题（当您“重建从0开始编号的数据帧”时，您可能已经解决了）是您的原始链接数据edg从1开始，而不是从0开始

networkD3文档中有以下注释：

注意：您可能已经习惯了R基于1的编号（即R中的计数从1开始）。但是，networkD3绘图是使用基于0的JavaScript创建的。因此，您的数据链接需要从0开始

Re。不正确的数据类型，我最初也认为这可能是问题所在，我测试了将所有不同的列（NodeID的factor变量除外）强制转换为.numericvs

as.integer

——但是现在已将我的数据更正为基于0而不是基于1，my

forceNetwork

显示器可正常显示任一数据类型

---

希望这有帮助

从技术上讲，即使您解决了其他可能的问题（如

edg$Gene1

和

edg$Gene2

为非数字），示例数据也不起作用的原因是因为您在

edg

数据中引用了节点

22

，该节点位于“基于0的索引”中术语指向

vert

数据框的第23行，该数据框不存在

正如已经指出的，这可能是因为它在基于1的索引中，应该进行转换，这可以很容易地用

edg$Gene1 <- edg$Gene1 - 1
edg$Gene2 <- edg$Gene2 - 1

---

您可以测试是否引用

edj

数据中的节点，该节点在

vert

数据中不存在，例如

all(unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2)) %in% (1:nrow(vert) - 1))
# [1] FALSE

应该返回

TRUE

。如果没有，那就是出了问题

您可以确定在

edg

数据中引用的节点在

vert

数据中不存在，请使用

unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2))[which(!unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2)) %in% (1:nrow(vert) - 1))]
# [1] 22

---

完全可复制的示例，将

edg

中的指数调整为“基于0”

---

edg我遇到了同样的问题，但在转换为数字之前，通过将源和目标的因子级别设置为与节点名称一致，解决了这个问题：

edg$Gene1<-factor(edg$Gene1,levels=vert$Symbol)
edg$Gene2<-factor(edg$Gene2,levels=vert$Symbol)
edg$source<-as.numeric(edg$Gene1)-1
edg$target<-as.numeric(edg$Gene2)-1

对我有用

希望这会有所帮助。
试试
forceNetwork（Links=transform（edg，Gene1=Gene1-1，Gene2=Gene2-1），Nodes=transform（vert，Symbol=Symbol-1），Source=“Gene1”，Target=“Gene2”，Value=“Prob”，NodeID=“Symbol”，Group=“Chr”，opacity=0.7，colorscale=“d3.scale.category20b（），Nodesize=“Expr”，zoom=T，legend=T）
，这使得顶点ID以0而不是1开头。不！不会更改，不会显示边。我重建了数据帧，命名为NodeIds 0:21，并相应地重建了边。没有什么变化。还尝试在“符号”列中使用标签而不是数字：仍然只显示节点。最终尝试将列名更改为包示例中使用的列名（我知道这很愚蠢）：仍然只有nodes.square。上面的代码可以生成。我使用networkD3 v0.1.7.mmm。奇怪的最终通过上述测试集得到了与您相同的结果。然后，我将相同的技术（实际上是从0开始重建数据帧）应用到一个更具体的测试用例中，该测试用例有160个节点和170个边。新的数据集实际上是包含多个列的完整表，我只指定了源、目标和节点ID（这次是完整标签）。早期的尝试导致了一个空白的查看器面板。然后我就能得到我所期望的情节。没有任何改变。这个函数的背后是什么？非常感谢@Lukeam可能是个虫子？不能说，因为我不能重现你的错误。
all(unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2)) %in% (1:nrow(vert) - 1))
# [1] FALSE

unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2))[which(!unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2)) %in% (1:nrow(vert) - 1))]
# [1] 22

edg$Gene1<-factor(edg$Gene1,levels=vert$Symbol)
edg$Gene2<-factor(edg$Gene2,levels=vert$Symbol)
edg$source<-as.numeric(edg$Gene1)-1
edg$target<-as.numeric(edg$Gene2)-1

forceNetwork( Links = edg, Nodes = vert, Source = "source", Target = "target", 
          Value = "Prob", NodeID = "Symbol", Group = "Chr", opacity = 0.7,
          colourScale = "d3.scale.category20b()", Nodesize = "Expr", zoom = T,
          legend = T )