使用read.table（）读取gzip文件

尝试从中重新加载交叉引用和hprd表时出错：

kgxref=read.table（“kgxref.txt.gz”，sep=“\t”，as.is=t，comment=“”，header=t，quote=”“）

hprd=read.table（“humanHprdP2P.txt.gz”，as.is=T，header=T，comment=”“）

我不断得到错误：

read.table（“kgXref.txt.gz”，sep=“\t”，as.is=t，comment=“”，”中出现错误：无效的数字“as.is”表达式 我已经检查了我的文件名是否输入正确，工作目录是否设置为正确的文件夹，并且尝试加载带有和不带“.gz”扩展名的文件（我在wd中有压缩和解压缩版本）

我应该补充一点，我在几周前就有了这段代码。我最近更新了我的操作系统（Mac Mojave）、R（3.6.0）和RStudio（1.2.1335版），以便安装一些与我的旧版本不兼容的软件包。我觉得这可能与此有关

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任何帮助都将不胜感激！提前感谢！

根据

read.table

文档，似乎

as.is

参数是一个向量：

read.table的默认行为是将字符变量（未转换为逻辑、数字或复数）转换为因子。变量as.is控制colClasses未另行指定的列的转换。其值为逻辑向量（如有必要，可循环使用值），或数值或字符索引的向量，指定哪些列不应转换为因子。 注意：要抑制所有转换，包括数值列的转换，请设置colClasses=“character”。 请注意，as.is是按列（而不是按变量）指定的，因此包括行名称列（如果有）和要跳过的任何列

因此，为了检查这是否是问题所在，我将完全删除该参数：

hprd=read.table("humanHprdP2P.txt.gz",header=T,comment="")

然后，如果可行的话，指定一个向量，其中的列索引应该保持“原样”或布尔值，比如

c（2,3）

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很抱歉，我不能用一个最简单的工作示例来更精确地说明这一点，但希望它能有所帮助。

根据

read.table

文档，似乎

as.is

参数是一个向量

read.table的默认行为是将字符变量（未转换为逻辑、数字或复数）转换为因子。变量as.is控制colClasses未另行指定的列的转换。其值为逻辑向量（如有必要，可循环使用值），或数值或字符索引的向量，指定哪些列不应转换为因子。 注意：要抑制所有转换，包括数值列的转换，请设置colClasses=“character”。 请注意，as.is是按列（而不是按变量）指定的，因此包括行名称列（如果有）和要跳过的任何列

因此，为了检查这是否是问题所在，我将完全删除该参数：

hprd=read.table("humanHprdP2P.txt.gz",header=T,comment="")

然后，如果可行的话，指定一个向量，其中的列索引应该保持“原样”或布尔值，比如

c（2,3）

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很抱歉，我不能用一个最小的工作示例来更精确地说明这一点，但希望它能有所帮助。

我猜，通过使用as.is=TRUE我们试图避免列成为因素类，并希望将它们作为字符类。另外，这些文件没有标题

以下是一些选项：

# keep strings as character (avoid factors)
kgxref <- read.table("kgXref.txt.gz", stringsAsFactors = FALSE, sep = "\t")

#将字符串保留为字符（避免因素）
kgxref我猜，通过使用as.is=TRUE我们试图避免列成为因子类，并希望将它们保留为字符类。此外，这些文件没有标题

以下是一些选项：

# keep strings as character (avoid factors)
kgxref <- read.table("kgXref.txt.gz", stringsAsFactors = FALSE, sep = "\t")

#将字符串保留为字符（避免因素）
kgxref